El convento de carmelitas calzados de la ciudad de Antequera fue fundado el 19 de octubre de 1513. Ese día el ayuntamiento se reunió en cabildo ante el escribano Álvaro de Oviedo y cedió el lugar de San Sebastián el Viejo a los carmelitas fray Agustín y el padre Juan de Ortega. Se impuso la condición de que en el plazo de un año estuviese poblado el monasterio, ya que, en caso contrario, el ayuntamiento podría disponer del lugar asignado.

La construcción del templo comenzó a abordarse el último tercio del siglo XVI, comenzando la construcción Leonor de Segura, terminó la obra en 1614. Al morir Leonor de Segura, fue su hija, Catalina Fernández, quien continúa con el patrocinio del convento, iniciando las obras de la capilla mayor en 1580. La capilla mayor ya estaba siendo utilizada en 1597, pero, debido a problemas por incumplimiento del compromiso de construcción de la capilla por parte los sucesores de Catalina Fernández, no puedo ser terminada del todo hasta 1627.

Durante el siglo XVII el convento vivió un aumento del número de religiosos que lo poblaban. Observamos la progresión en el hecho de que el convento estuviese poblado con 26 religiosos en 1606 y con 45 en 1686. Las posesiones del convento también aumentaban con los años, así, en el año 1771 poseían los carmelitas de Antequera: 100 casas, 18 posesiones y 40 censos.

El siglo XIX trajo una serie de acontecimientos que terminaron con la vida del convento. Durante la Guerra de la Independencia los frailes abandonaron el convento, que fue saqueado y terminó sufriendo un gran deterioro. Tras el fin de la contienda los carmelitas regresaron. En 1820, durante el Trienio Liberal, fue promulgada la Ley sobre monasterios y conventos, por la que se suprimió el convento carmelita del Juncal, cuya comunidad fue cobijada por el de Antequera. Pero en 1835, los 24 religiosos que habitaban el convento tuvieron que abandonarlo de manera definitiva tras la supresión de éste a raíz de los decretos de exclaustración del ministro Mendizábal.