El Convento de San Diego de Zaragoza fue fundado por Carlos Fernández de Heredia, conde de Fuentes de Ebro, en 1601. El edificio estaba situado junto al Convento de San Francisco, con el que compartía la huerta. El convento estaba formado por un guardián, cuatro o cinco profesores de teología, uno o dos hermanos laicos y un número variable de estudiantes o coristas. El número total de frailes oscilaba en torno a los catorce. Como centro educativo, su principal función era la promoción de los estudios teológicos dentro de la Orden Franciscana. Se sostenía con las rentas y dotaciones anuales que recibía.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) interrumpió la vida del convento, que no volvió a reanudarse hasta 1815. El 3 de abril de 1835 un motín popular asaltó el convento y dos de sus frailes fueron asesinados. El convento fue suprimido definitivamente el 10 de agosto de ese año por la junta de gobierno de la ciudad, tras la publicación del Real Decreto de 25 de julio suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos.