El convento es fundando por Real Cédula de los Reyes Católicos fechada el 22 de noviembre de 1492. Fray Antonio de Villafranca recibió por ella 82 pares de casas, 3 mezquitas, un horno y una huerta. El convento comenzó perteneciendo a la Custodia de Sevilla, pero en 1583 se le integró en la provincia seráfica de Granada.

El convento recibió grandes mejroes debido a los prelados almerienses fray Diego Fernández de Villalán, del círculo del Cardenal Cisneros y Juan de Portocarrero, que ejerció el obispado a principios del s. XVII. Otros benefactores del convento fueron varias de las familias poderosas de Almería, las cuales realizaban el patronato de la capilla mayor de la iglesia. Algunas de ellas fueron los Montenegro Mesa, que ejercieron el patronato en 1525, Ochoa Ortiz de Careaga que lo ejerció en 1526, o el de los Briceño que ejercieron el patronato de forma prologanda desde 1596. Desde 1718 el patrono es Cayetano de los Ríos Zarzosa.

En 1790 el convento sufrió graves desperfectos tras el terremoto que asola Orán, lo que obliga a su demolición y reedificación. En 1835 el convento ha de cerrar definitivamente sus pueras debido a la exclaustración decretada por Mendizábal.