No se sabe cuándo fue fundado exactamente el Convento de San Francisco de Badajoz, pero la documentación más antigua al respecto es de 1332. Estaba situado intramuros de la ciudad, pero lejos de los baluartes. Su fundación se atribuye a fray Simón, obispo de Badajoz, y a Tello, señor de Vizcaya y Aguilar. El edificio primitivo se construyó con materiales pobres y antiguas ruinas romanas.

Desde 1348 se produjo un relajamiento paulatino en el cumplimiento de la regla franciscana dentro del convento, lo que condujo a la aceptación de rentas y donaciones de la nobleza de Badajoz y de figuras como el rey Juan II de Castilla y Garci Sánchez, señor de Barcarrota. En 1457, Blanca de Sotomayor y su esposo Pedro Suárez de Figueroa se convirtieron en patronos del convento, pero sus descendientes desatendieron sus obligaciones. Debido a ello, Gerónimo de Figueroa y su esposa Elvira de Silva asumieron posteriormente el patronazgo, aunque sus descendientes tampoco cumplieron con sus compromisos. Como resultado, el edificio se fue deteriorando progresivamente hasta el siglo XVI. Tras la supresión de los franciscanos conventuales en España, el convento fue entregado a los franciscanos observantes el 25 de abril de 1567. Los franciscanos conventuales huyeron a Portugal con la plata y los ornamentos del convento, pero los devolvieron posteriormente gracias a la intervención del rey Felipe II. Sin embargo, debido al estado ruinoso del edificio fue necesario rehacer las celdas, el refectorio, el claustro, la portería y la sacristía. Las obras no se terminaron hasta finales del siglo XVI.

Las guerras de los siglos XVII y XVIII afectaron gravemente al convento. Durante la Guerra de Restauración Portuguesa (1640-1668), la comunidad se redujo a 30 frailes debido a que el convento sirvió como cuartel para las tropas españolas. Además, durante el sitio de Badajoz (1658), la artillería portuguesa alcanzó el edificio. La Guerra de Sucesión (1701-1714) también perjudicó al convento. El bombardeo de Badajoz por parte de las tropas austracistas en 1705 provocó un grave incendio en el edificio. Debido a ello, el convento tuvo que reconstruirse completamente a partir de 1723. Las obras, dirigidas por fray Juan Tamayo, fueron sufragadas en parte por los reyes de España y Portugal. En esta época, el número de frailes osciló entre los 40 y los 60.

El convento disponía de una cátedra de filosofía desde 1660 y también contó con una casa de noviciado y una cátedra de teología entre 1695 y 1715, pero la reforma de la enseñanza del rey Carlos III acabó con los estudios del convento al invalidar los títulos educativos obtenidos en centros religiosos. En 1822, el convento se vio obligado a acoger a los franciscanos de Olivenza para contar con el número de frailes necesario para no ser suprimido, de acuerdo con la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Debido a su ubicación en la periferia del casco urbano, sus grandes proporciones y su decreciente comunidad, en 1823 el ejército solicitó al Obispado de Badajoz la desocupación del convento para convertirlo en cuartel. Sin embargo, el convento continuó abierto hasta septiembre de 1835, cuando fue abandonado definitivamente a causa del Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La iglesia continúa abierta al culto en la actualidad como parroquia de San Juan Bautista.