El origen del convento de San Francisco de Teba, ciudad cuyos terrenos pertenecían al arzobispado hispalense, se encuentra en la fundación dominica hecha con el patronato del marqués de Ardales y quinto conde de Teba, Luis Guzmán. Dicha fundación tuvo lugar en 1551 y el convento se llamaba San Pedro Mártir, pero la muerte violenta de uno de los religiosos hizo que los dominicos abandonasen el convento solo diez años después de la fundación.

Tras quedar vacío el convento, quedaron desatendidas las necesidades religiosas del pueblo de Teba, por lo que los marqueses de la Algaba, deciden poner remedio a la situación y formulan una petición en la que ruegan reabrir el convento, esta vez con frailes franciscanos. Esta petición es elevada al Capítulo General de la orden celebrado el 24 de mayo de 1573.

La petición es aceptada, y aunque al principio cuenta con la oposición de sectores del gobierno de la ciudad, la empresa sale adelante, y el asunto se pone en manos del padre provincial, fray García de la Ribera, para que realice las gestiones necesarias. Una vez todo fue solucionado, la toma de posesión del convento se realiza el 3 de octubre de 1573.

Como reconocimiento a la ayuda recibida, el marqués de la Algaba y Ardales y conde Teba, obtiene el patronazgo de la capilla mayor de la iglesia conventual. El convento hereda las obligaciones y cargos de los dominicos, pero pronto obtienen grandes donaciones de las grandes fortunas de Teba. Como ejemplo de ello, tenemos la donación de una finca de 150 fanegas y una casa, realizada por Eufemia de Guzmán, esposa del licenciado Domingo García de Cardona, según testamento firmado el 14 de junio de 1649. También obtuvieron de los vecinos numerosas obras de arte y objetos de culto, siendo el s. XVII donde se da el mayor auge en las posesiones del convento.

Los frailes no tenían restringido su campo de acción a Teba, si no que también podían ejercer funciones religiosas fuera de los límites que acogían al convento. Por ejemplo, una facultad les autorizaba a actuar en Campillo, y una memoria del Duque de Osuna, les autorizaba a lo propio en Ortegícar.

El convento en 1648 acogía a 19 frailes, llegando a tener 28 en tiempos anteriores a la exclaustración. Poseía también una gran librería de 637 volúmenes ordenados alfabéticamente y por materias. En 1835 el convento cierra definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.