La escritura fundacional se remonta al 21 de Diciembre de 1618, en Villalba del Alcor, señorío jurisdiccional del conde de Miranda, por el licenciado García Jiménez Franco, que les otorgó todo lo necesario para su mantenimiento. Contó con la ayuda de su sobrina, Beatriz de San Juan Bautista, religiosa carmelita del monasterio de Santa Ana de Sevilla.

El 11 de Febrero de 1619 llegan las primeras 5 monjas, provenientes del monasterio jerónimo de San Miguel, con Beatriz de San Juan Bautista (-1577) como priora, y redactó unos nuevos estatutos especiales el 14 de septiembre de 1618.

El convento era señalado como de estricta observancia, ("strictioris observantiae"). También fue alabada su grata vida en común.

Con el comienzo del siglo XIX las penurias económicas se agravaron, debido al desembolso que hicieron con la invasión francesa.

Con motivo de la exclaustración, quedó bajo la jurisdicción del Ordinario. El 18 de julio de 1936 se vieron obligadas a abandonar el convento, refugiándose en casas de particulares. Con la guerra civil sufrió el expolio y varios incendios. Regresaron a la clausura el 15 de octubre del mismo año.

En 1953 quedaban 13 monjas y recibió la ayuda de otras cinco del Carmelo de Santa Ana de Sevilla.

La construcción no debía de ser muy resistente y pronto precisó de reparaciones: 1685, 1709, y la reforma de 1732. De nuevo tuvo que ser fuertemente reforzada tras los desperfectos ocasionados por el terremoto de Lisboa de 1755. Se vuelve a reedificar en 1776. Desde mediados del siglo XX, hasta el último cuarto, las obras y remodelaciones fueron constantes.

Algunas monjas insignes son: Catalina de la Pasión (¿-1684), Ana de Vera (¿-1737) y Margarita de la Cruz Esquivel y Ponce de León (¿-1775) (Natural de Málaga, hija de hija de José Ponce de León y Sebastiana de Esquivel)