En el primer tercio del siglo XV se fundó extramuros el convento de la Merced, en la margen izquierda del río Riguel. Durante esa centuria la localidad zaragozana de Uncastillo vivió un florecimiento de las artes y las letras que propició la aparición de varias construcciones civiles y religiosas, como la Casa Consistorial o la iglesia de San Andrés. En este contexto surgió la iniciativa de transformar la antigua ermita dedicada a San Lázaro en el convento mercedario. El proyecto corrió a cargo del monarca Alfonso V que designó como primer Comendador a fray Esteban Gil.

No existe mucha documentación sobre este monasterio, que perteneciente al obispado de Pamplona, parece que nunca fue de gran relevancia, ni por sus dominios ni por el número de religiosos que albergó. En 1443 el Maestro General de la Orden y creador en 1445 de la obra Speculum fratrum, primera crónica que narra los orígenes de la orden mercedaria, visitó el convento y comprobó que el número de frailes era de seis y su Superior seguía siendo el fraile Esteban Gil, protegido del monarca.

En la segunda mitad del siglo XVI, con la reforma en la Orden, se ordenó el cierre de aquellas casas más pobres que contaban con un escaso número de frailes, en el caso de Aragón fueron las de Sarrión, Teruel, Daroca, Tarazona, Barbastro y Uncastillo. Posteriormente volvió a ponerse en funcionamiento, y según aparece en las crónicas, tuvo en la figura de fray Domingo de Usabiaga una figura clave en ese proceso. En el Capitulo de la Orden de Valencia, celebrado en abril de 1600, se le dio la Encomienda de San Lázaro de Uncastillo, reedificando el convento gracias a la colecta de limosnas entre los fieles.

En el siglo XIX se pierde el rastro documental del convento, se sabe que fray José Felez, profesor de teología en el Colegio de Huesca y maestro de novicios en El Olivar, fue nombrado Comendador de Uncastillo en 1805, casa que gobernó por espacio de once años. Desde entonces poco más se sabe de esta comunidad que parece que fue abandonada definitivamente en el siglo XX.