Sobre las ruinas de una iglesia situada al sur de la ciudad de Santiago, Diego Gelmírez, primer arzobispo de Santiago e impulsor de la construcción de la catedral de Santiago, decide instalar una comunidad de monjas benedictinas a comienzos del siglo XII. Las primeras religiosas llegaron en el año 1129, como así atestigua la inscripción situada en los arcos románicos del claustro interior.

La comunidad benedictina femenina estuvo instalada en Conjo hasta que desapareció a finales del siglo XV, alrededor de 1480. En esas fechas se hizo una reorganización de las diferentes casas femeninas de la orden de San Benito en Galicia que acabaron siendo agrupadas, entre ellas las de Conjo, en el monasterio coruñés de Antealtares, edificio que había sido abandonado unos años por monjes benedictinos trasladados a San Martiño Pinario.

Poco tiempo estuvo abandonado el convento de Conjo, ya que apenas dos años después de ser abandonado por las benedictinas, fue ocupado por frailes mercedarios. Fue el sacerdote Diego de Saldaña, que más tarde se convirtió en confesor de los Reyes Católicos y obispo de Ávila, el que tras ser ordenado fraile mercedario en Valladolid, puso en marcha la comunidad bajo la orden de la Merced.

La fundación como convento mercedario fue confirmada por el Papa Sixto IV el 22 de Marzo de 1483 y desde entonces fueron numerosos los privilegios que recibió la casa, uno de ellos era que una de las Cátedras de teología de la Universidad de Santiago debía estar a cargo de un religioso de la Orden de la Merced. La relación del convento mercedario con la Universidad siempre fue estrecha y continuó durante los siglos siguientes. El mercedario Acebedo consiguió las de medicina y derecho y a mediados del siglo XVII el convento era también Colegio Mayor.

El edificio, de dos plantas, destaca por la portería del siglo XVIII enmarcada por columnas toscazas y rematadas por una cornisa en la que hay colocado un escudo mercedario. En su interior se puede apreciar un Cristo Crucificado tallado por Gregorio Fernández en el año 1.628 y una capilla construida por Simón Rodríguez en el año 1.729.

El convento fue abandonado por los religiosos mercedarios en el año 1835 por las leyes de Desamortización y más tarde, a finales del siglo, la comunidad se estableció en el antiguo monasterio benedictino de San Juan de Poio en Pontevedra. Aunque se conservó el templo para uso religioso, la gran mayoría de las instalaciones del antiguo convento fueron destinadas a albergar un hospital psiquiátrico.