El convento fue construido por un notario zaragozano llamado Diego Fecet en el año 1623. De este apellido viene el otro nombre por el que se conocía el convento y la iglesia que aún perdura: Convento de las Fecetas.

La intención del fundador era crear una residencia para religiosas que fueran hijas de cargos públicos de Aragón.

La construcción del convento se alargó durante varios años: el maestro de obras Pedro de Ruesta trabajo entre los años 1627 y 1629 y a partir de entonces lo haría Clemente Ruíz hasta 1631. En 1636 aun consta que se estaban terminando los trabajos en la fábrica del convento.

El convento de las Fecetas es un importante ejemplo del barroco de influencia mudejar que se desarrolló en Zaragoza y en toda Aragón. Destaca de entre todo el conjunto la decoración en yeso con motivos geométricos de tradición mudejar que cubren todas las bóvedas de la iglesia, salvo las capillas.

Durante la Guerra de Independencia el convento fue abandonado y se perdió parcialmente el claustro.

El 30 de septiembre de 1970 se publica el decreto por el que es declarado Monumento Nacional, tanto el convento como la iglesia.

En octubre de 1975 las carmelitas descalzas del antiguo convento inauguran y se instalan en el nuevo emplazamiento a las afueras dela ciudad de Zaragoza.

Entre los años 1997 y 1999 se llevan a cabo las obras de restauración tanto de una parte del claustro como de la iglesia que quedan incrustados en un bloque de viviendas de nueva edificación.

En la actualidad solo se mantiene la actividad de esta iglesia que sirve de culto tanto para practicantes católicos como para ortodoxos de la ciudad de Zaragoza.

El 22 de febrero de 2002 se publica en el Boletin Oficial de Aragón la orden por la que se declara Bien de Interés Cultural la iglesia del Convento de las Fecetas.