El Convento de la Purísima Concepción de Estepona fue fundado por frailes de la Tercera Orden Regular franciscana en 1712. El 25 de enero de ese año el obispo de Málaga, fray Francisco de San José, dio licencia a los frailes del Convento de Nuestra Señora de Caños Santos de Olvera para establecer un hospicio en la villa, y el 9 de febrero tomaron posesión de la antigua ermita de la Vera Cruz. Posteriormente, adquirieron varias viviendas contiguas. En 1714 fueron autorizados a suministrar los sacramentos. Durante sus primeros años de existencia, el convento mantuvo varios pleitos con otros conventos de la villa por su establecimiento irregular.

El edificio se terminó a mediados del siglo XVIII gracias a las limosnas de varios vecinos, especialmente María Guerrero y Ana Ramos Salmerón. La iglesia, que tardó veinte años en construirse, fue consagrada el 12 de junio de 1791. A lo largo de su existencia, el número de frailes osciló entre los cinco y los ocho. El convento disponía de una viña y de un huerto. Además, poseía gran cantidad de propiedades rústicas y urbanas.

El convento no fue dañado gravemente durante la Guerra de la Independencia (1808-1814). Los frailes no tuvieron que entregar ninguna alhaja a la Junta Suprema Central y las tropas francesas tampoco causaron grandes desperfectos al edificio durante su ocupación. Los frailes volvieron a ocupar el convento en 1813. Fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835. La iglesia continuó abierta al culto como parroquia de Nuestra Señora de los Remedios.