La Regla de Santa Clara se establece en Málaga por iniciativa Real, fundando el convento de clarisas de la Concepción de Nuestra Señora, en 1495, que finalizaría su construcción en 1505, gracias a donaciones de reyes y privados. La construcción de este convento y la dotación de recursos para el mismo se le encargó, por parte de los R.R. Católicos, al obispo D. Juan de Toledo, por encontrarse los Reyes en la conquista de Granada.

En la carta de donación de fecha 9 de diciembre de 1495, los Reyes dotaron al convento con viñas y tierras en la Alcarria de Júncara, consistentes en 518 fanegas de tierra sembradas, además de otras 300 situadas en Alhaurín y Coín, con la condición de que nunca se pudieran vender, salvo que fueran en beneficio de la fundación. Finalizada la construcción y el proceso de fundación, S.M. expidió real Cedula el 8 de agosto de 1505.

Para fundar este convento llegaron religiosas del del Convento de Santa Isabel del Real de Granada, y de otro suyo de la ciudad de Andujar, nombrándose como Abadesa a Sor Clara de la Cruz, y su compañera a Sor María de S. Jerónimo.

El convento desarrollo su actividad sin problemas al acrecentar sus posesiones y rentas, gracias a donaciones y memorias, como las de D. Gabriel Coalla, alcayde de la villa de Sedella, el cual, en testamento, de 3 de mayo de 1544, donó muchas haciendas, habiendo financiado la nueva Capilla mayor que amenazaba ruina.

D. Carlos I, dejó para ayudar al sustento de las religiosas, 96 fanegas de trigo cada año, lo que confirmó la reina Gobernadora Dña. María de Austria, por su Cédula de 12 de julio de 1676

El Convento también realizó fundaciones, de él salieron para el de Santa Clara de Loja, su primera abadesa: Sor Clara de la Cruz y para el de la Concepción de Vélez-Málaga: Sor Isabel Carrillo.

Tras la Guerra de la Independencia, 1808-1814, la política liberal que comienza a desarrollarse impone el pago de una serie de impuestos a las religiosas, que provocan la pérdida de algunas de sus posesiones.

La Desamortización de mediados del siglo XIX, afectó de lleno al Convento. Primero fueron los bienes de la Comunidad, ya que en los años 1836 y 1837, les fueron expropiadas 34 fincas urbanas. Los edificios fueron afectados por la legislación a mediados del siglo XIX, no obstante consta que las 5 monjas solicitaron del Cabildo una reparación del saneamiento instalado en calle Ataud, hoy Moratín.

La revolución que provocó la expulsión de la Reina Isabel II en 1868, consiguió que los edificios fueran desamortizados. El 12 de octubre de 1868 se les participó a las monjas a que abandonaran el convento en un plazo máximo de tres días. Las monjas encontraron refugio en los conventos de las Carmelitas, Trinidad y Capuchinos.

El Boletín Oficial de la Provincia de Málaga publicaba con fecha 28 de octubre del mismo año, las condiciones a cumplir por el contratista adjudicatario del derribo. Ante la noticia una elite local reaccionó protestando sobre el derribo, ya que el valor de los edificios era muy estimado, como Patrimonio Artístico, sobre todo la Iglesia.

El 16 de diciembre de 1868 se recibió en Málaga la orden del Ministerio de Hacienda que cedía las propiedades al Ayuntamiento Popular, de los conventos de Santa Clara y San Bernardo.

El contratista de obras, Álvaro Gámez, fue quien realizó el derribo que en el año 1869, ya tenía casi concluido, a excepción de los muros perimetrales que servían de cerca de los materiales obtenidos.

Posteriormente Diego de Gastambide, aparece como titular de la contrata, al que se le da un plazo de 50 días para terminarlo.

En el solar resultante se trazaron la apertura de las calles: Duque de la Victoria, Molina Larios, el ensanche de Correo Viejo, la apertura de la Plaza del Siglo, así como el ensanche del pasaje de Moratín.