El origen de este convento se encuentra en el antiguo Beaterio de Franciscanas existente en 1448, que se construyó sobre el antiguo hospital de peregrinos de San Miguel (siglos XIII-XIV). Se trasladó de su localización previa en un monte cercano a Onda al centro de la villa por miedo a las amenazas moriscas. Las Beatas realizaban obras de caridad y, deseosas de una mayor perfección, obtuvieron licencia de la Orden de Santa Clara para fundar un monasterio de Clarisas. Con este fin salieron tres religiosas del Real Monasterio de la Trinidad de Valencia que, junto con las beatas de Onda, fundaron en 1572 el Monasterio bajo la invocación de la Inmaculada Concepción.

Durante la Primera Guerra Carlista (1833-1840) la comunidad de Clarisas tuvo que abandonar el convento, refugiándose en el de San Pascual Baylón de Vila-real, que había sido abandonado por la desamortización de Mendizábal. En diciembre de 1857 la comunidad regresó a Onda, donde continuó desempeñando su actividad con normalidad, exceptuando el periodo de principios del siglo XIX, en que sufrió las vicisitudes de la invasión francesa y la posterior Guerra de la Independencia (Onda fue conquistada por tropas francesas en 1811 y 1812, siendo finalmente recuperada en julio de 1813).

El 6 de diciembre de 1891 las religiosas nuevamente se trasladaron, esta vez al Convento de la Sagrada Familia de Nules, donde erigieron una nueva comunidad de clarisas. Dicho convento sufrió graves desperfectos durante la Guerra Civil, por lo que tuvo que ser reconstruido. Las obras finalizaron en 1943 y las clarisas pudieron habitar nuevamente el convento. La comunidad de Nules fue finalmente suprimida en 1972, y las religiosas regresaron nuevamente a Onda, donde continúan su actividad.

Con las leyes de desamortización el deshabitado edificio del convento de la Concepción de Onda se transformó en teatro e incluso llegó a convertirse en casino. Ya en 1870 albergó la Casa Consistorial de la localidad y posteriormente el Ayuntamiento, derribado en 1970.