En el s.XII, durante el reinado de Fernando II de León, existía una iglesia extramuros llamada de San Salvador. En esa parroquia es donde el doctor Alonso Deza de Castro quiso fundar un convento de franciscano descalzos como reconocimiento al buen trato que le dieron los franciscanos en sus años de estudiante de medicina en Salamanca. Para realizar la fundación el doctor dejó escrito en su testamento que donaría todos sus bienes para la construcción del convento. Su muerte fue el 17 de diciembre de 1605.

El convento contaba con el patronato del Concejo de la Villa, además de con limosnas y donaciones de varias personas del pueblo. Por ello el 12 de agosto de 1648 pudieron emprenderse unas obras de remodelación de la iglesia de San Salvador, que desde la fundación del convento pertenecía a éste. Tras terminarse las obras, se procedió a la inauguración de la nueva iglesia el 29 de mayo de 1650.

En 1835 el convento ha de cerrar definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal. A pesar de todo la iglesia seguiría funcionando haciéndose cargo de ella el clero local.