En los ultimos años del siglo XVI, previos al asalto de la armada anglo-holandesa de 1596, los hermanos de San Juan de Dios, ya se instalan en un pequeño recinto junto a las murallas medievales de Cádiz, en la parte oriental de la Plaza Real, su intervención de asistencia sanitaria en la villa, que estaba destrozada por el ataque, asienta las bases para una presencia permanente, de manera que es el propio cabildo municipal el que ve la conveniencia de ampliar las dependencias destruidas durante el asalto.

Después de algunas discrepancias con los vecinos que tenían sus casas adosadas a la muralla, se aprovecha ésta como muro en el que, a una y otra parte, se levantaría el Convento Hospital de la Santa Misericordia. La reconstrucción de Cádiz tras el saqueo, es paralela al crecimiento del Convento-hospital, y se levantan los castillos de Santa Catalina y San Sebastián.

El 9 de junio de 1614, el Cabildo atiende la petición del capitán Juan de Soto, alférez mayor de la villa, para que se conceda en donación y de manera oficial, la casa hospital con todos sus menesteres, a los hermanos de San Juan de Dios, siendo su primer Superior fray Francisco Fidel,que transmitió su cargo a fray Pascual Baca. En aquellos años, y por iniciativa del médico del presidio de Cádiz, Gaspar Toquero, se monta el Corral de Comedias, cuyos beneficios van para el mantenimiento del hospital, que tiene la necesidad de una ampliación.

En las décadas de 1630 y 1640, época de grandes epidemias,los hermanos de San Juan de Dios atienden dos hospitales. La peste diezmó a la Armada apostada en Cádiz, y durante siglo y medio, el hospital de San Juan de Dios es la institución humanitaria más destacada de Cádiz. El siglo XIX comienza con una epidemia de fiebre amarilla, que acaba con la vida de 7.387 vecinos, a pesar de que, por entonces, ya tenían actividad otros hospitales gaditanos.

La contribución de los hermanos de San Juan de Dios continúa en los primeros quince años del XIX, pero tanto la Armada como el Cabildo, consideran que el hospital no tiene suficientes medios para atender el aumento de población y las necesidades de unos y otros, llegando el momento que en 1820 queda suprimida la presencia de la Orden en Cádiz. Se restablece en 1823, pero por poco tiempo, ya que en 1835, la ley desamortizadora de Mendizábal enajena los bienes religiosos. Los hermanos de San Juan de Dios son sustituidos por una 'hermandad' civil de la Santa Caridad, que se hizo cargo del Hospital de la Misericordia.