El convento-hospital hospitalario de Úbeda fue fundado en el año 1601, aunque por aquel entonces funcionaba ya en la ciudad un hospital de pobres llamado de Nuestra Señor Jesucristo, pero mal atendido y en pésimas condiciones, por ello es la propia ciudad la que solicita el establecimiento de la orden hospitalaria de San Juan en Úbeda, entregándole ese hospital para su administración. Además, debido al deterioro del edificio es necesario dotar de rentas a la orden para regentar el convento-hospital.

Pese a ser varios los ubetenses que colaboraron en la fundación, el honor de patrón lo recibe Juan de Agreda, porque donó a la comunidad casi diez mil ducados fundado además la sala de convalecencias. Funda también cuatro capellanías merlengas con obligación de dar de los bienes fundacionales 20.000 maravedíes a cada capellán al año. El hospital daba servicio a pobres y enfermos de la ciudad, contaba con ocho camas, y con el servicio de seis religiosos.

Como acontecimiento curioso durante la actividad del convento-hospital, hay que destacar la celebración de dos corridas de toros en 1771, cuyos beneficios serían recaudados por las arcas de la institución y poder así llevar a cabo unas importantes obras de acondicionamiento y reconstrucción del hospital.

El funcionamiento del hospital era bastante satisfactorio, pues incluso disponía de médicos y cirujanos propios, entre ellos frailes de la orden. En 1787 el propio Prior obtiene el título de cirujano.

Por último, el convento-hospital sufre hasta tres exclaustraciones, en 1808, 1820 y 1836, afectado por todas las legislaciones desamortizadoras que se llevaron a cabo en este período, durante la ocupación francesa, luego durante el Trienio Liberal y por último durante la época de la Desamortización General de Mendizábal.