Fue fundado en el año 1671 por el general Miguel de Oquendo y su mujer Maria Teresa de San Millán. Este matrimonio quiso levantar un santuario en Lasarte para albergar una escultura de la Virgen de Nuestra Señora del Consuelo traída de Brasil.

El general Oquendo solicitó licencia al rey para la fundación de un convento donde ingresarían sus hijas. El hecho de que las hijas de este matrimonio estuvieran en un convento de Vitoria de la misma orden de las Brigidas, fue determinante para la creación del convento y que la dirección del nuevo convento fuera la Abadesa del de Vitoria.

El rey, el 8 de julio de 1660, concedió la licencia para fundar un convento de monjas bernardas o agustinas recoletas o brígidas en Lasarte.

Según la escritura fundacional del convento, otorgada el 7 de enero de 1671 en San Sebastián, éste se levantó por una promesa realizada por el general Miguel de Oquendo a la talla de Nuestra Señora del Consuelo al haberle salvado la vida: "en la ocasion en que perdió se Escuadra y Armada Real a la vista y entrada de la bahia de la ciudad de Cadiz, noche de la misma Santa Brigida a 8 del mes de Octubre del año pasado de 1663".

A causa de guerras y contiendas, el convento sufrió daños y tuvo que desocuparse en varias ocasiones. Así, en 1812 las tropas francesas arrasaron el convento apoderándose de cuanto pudieron. En plena guerra carlista, 1837, las monjas abandonaron el convento para refugiarse, y pudieron regresar en 1839. En octubre de 1875, durante la segunda guerra carlista, se refugiaron en una antigua fábrica de Zegama hasta abril de 1876. Finalmente durante la Guerra Civil de 1936, abandonaron el convento ante la amenaza de bombardeo por un bando y la ocupación del mismo como cuartel de tropas por el otro, para refugiarse en el convento de Santa Cruz de Azkoitia. Regresaron el 14 de octubre de 1936.