El origen del Consulado de Burgos se encuentra en la Universidad de Mercaderes y Mareantes o asociación mercantil para el comercio marítimo con Flandes y otras plazas del Atlántico Norte, surgida a imitación de los consulados del mar mediterráneos, que desde 1455 nombraba en Brujas sus propios cónsules electos. Tenía carácter de cofradía gremial y tenemos noticias de su existencia y actividad a través del archivo del Consulado de España en Brujas.

El consulado se creó por pragmática de los Reyes Católicos dada en Medina del Campo el 24 de julio de 1494, considerado el documento fundacional al conferirle a la universidad de mercaderes preexistente competencia jurisdiccional plena sobre las causas mercantiles, es decir, jurisdicción especial sin letrados administrada por los propios mercaderes, apelable a la Chancillería de Valladolid o al propio Consejo Real. Por tanto, podía conocer todos los asuntos marítimos (sobre todo fletamentos, averías y seguros) y casi todos los asuntos mercantiles (compraventas, cambios, rendición de cuentas, compañías, factores) a menudo estrechamente relacionados. Así mismo, en la pragmática se confirmaron y ampliaron las competencias de la antigua universidad en cuanto al flete de barcos y la organización de la flota para el comercio, principalmente de lanas, a través de los puertos del Cantábrico. Finalmente, se otorgaba al prior y cónsules la facultad de redactar sus propias ordenanzas, con posterior confirmación del Consejo. La creación del consulado respondió a una petición expresa a los reyes del prior y cónsules de la universidad de mercaderes representados por Diego Soria, uno de los más importantes comerciantes de la época.

La creación del consulado condujo a un endurecimiento de la tradicional hostilidad que mantenía con la Cofradía de Mercaderes de Bilbao, que en 1494 consigue eximir al Señorío de Vizcaya de su jurisdicción, aunque ambas instituciones debían concertarse para la organización de la flota anual a Flandes. Después de varios acuerdos, en 1511 la universidad de Bilbao consigue de la reina Juana el privilegio de crear su propio consulado. Los burgaleses redactan entonces sus primeras ordenanzas de fletamentos, aprobadas en 1512. Las ordenanzas generales no aparecerán hasta más tarde, siendo aprobadas por Carlos I en Valladolid el 18 de septiembre de 1538. La pragmática posterior de 1558 delimitará las competencias de ambos consulados y eximirá de la jusrisdicción de Burgos a los naturales de las provincias vascongadas de Guipúzcoa y Álava. En 1572, en relación con las averías de la flota de lanas atacada por los protestantes en Zelanda, se redactan nuevas ordenanzas generales que permanecerán vigentes más de dos siglos. En 1766 se redactan las terceras ordenanzas generales, cuando se intentaba un resurgimiento de la institución.

Además de los mercaderes de Burgos que eran sus miembros naturales, estaban bajo la jurisdicción del consulado los mercaderes de La Rioja, Soria y otras provincias castellanas, principalmente Palencia, Valladolid y Segovia. El gobierno y administración estaban a cargo de un prior y varios cónsules y diputados elegidos anualmente, quienes entre otras cosas se encargaban de asistir a las audiencias y a las juntas generales o extraordinarias, organizar los fletes y nombrar oficios auxiliares. Entre estos últimos se encontraban el escribano secretario, cajero o bolsero, letrado (para asesorar, no para administrar justicia), solicitador o agente de negocios para hacer diligencias en los tribuales, procurador o representante jurídico, despachador de flotas, agente en los puertos y finalmente correo mayor, llamado en el siglo XV "maestro de correos".

Según Carande, la creación del consulado respondió al intento de centralización y control del comercio lanero exterior, y en la práctica supuso casi un monopolio de la exportación de lanas a través de los puertos del Cantábrico, cumpliendo como ya hizo notar Manuel Basas, un papel clave en el comercio internacional y en particular en la actividad comercial castellana del siglo XVI. A partir de la pérdida de la flota de las lanas de 1572 en Middelburg y la guerra abierta con Inglaterra y las provincias holandesas, el comercio lanero inicia su decadencia, que coincide también con la decadencia del consulado a lo largo del siglo XVII. A finales del siglo XVIII durante el reinado de Carlos III, se intenta una reactivación mediante la aplicación de medidas mercantilistas, en realidad de una institución ya diferente, y en general sin éxito. El consulado desapareció en la primera mitad del siglo XIX, como el resto de instituciones con jurisdicciones especiales de su misma índole.

Además de los Archivos del Estado, conservan documentos referidos al Consulado de Burgos, entre otras las siguientes instituciones:

Archivo de la Diputación Provincial de Burgos

Archivo Municipal de Burgos

Biblioteca Nacional de España

Archivo Simón Ruiz (Museo de las Ferias, Medina del Campo, Valladolid)