Hijo primogénito de Juan Ponce de León, II conde de Arcos, y de Leonor Núñez, segunda mujer, con la que se casó después de tener a los hijos comunes. Todos ellos legitimados posteriormente. Juan II legitimó a Pedro el 15 de marzo de 1449, lo que permitió al conde de Arcos hacer donación a su primogénito del mayorazgo. Sin embargo, Pedro muere en vida de su padre, en 1460, por lo que nunca llegó a sucederle. Contrajo matrimonio con María de Luna con la que tuvo dos hijos: Luis, casado con María Fernández de Vargas, y Juan Ponce de León, llamado el Bermejo, que casó en dos ocasiones, la primera con Beatriz de Canto y, la segunda, con Mayor de Barrios. Este Juan, se autotitulaba conde de Arcos y reclamó los derechos a la Casa y Mayorazgo de Arcos a Rodrigo Ponce de León, I duque de Arcos, incluso se inició un pleito, a partir de 1493, desarrollado en la Audiencia de Ciudad Real. Finalmente, se llegó a un acuerdo por el que a cambio de la renuncia de sus derechos recibiría un millón de maravedíes, novecientos mil al contado y otros cien mil a pagar en diez años a razón de diez mil anuales,