Pasó a Indias en 1502 en la flota del nuevo gobernador Nicolás de Ovando. Había realizado estudios religiosos pero aún no se había ordenado sacerdote. En un principio actuó como un colono más, ya que fue minero y encomendero y participó en la represión de las insurrecciones de los indígenas de las regiones de Jaraguá y del Higüey, en la isla Española. Tuvo también una hacienda en las orillas del río Janique y se dedicó a explotar la tierra empleando para sus trabajos a los indígenas. A finales de 1506 regresa a Sevilla y continua su viaje hacia Roma, donde completa su preparación humanística y religiosa. De regreso a la Española, en 1508, el almirante Diego Colón le concede una heredad con repartimiento de indígenas en La Concepción, donde empezó a evangelizar como doctrinero. Por entonces Las Casas debió consagrarse como presbítero. Pasó a Cuba en 1513 como capellán y consejero de Pánfilo de Narváez, que había emprendido junto a Diego Velázquez la conquista y población de la isla. Los abusos cometidos por los encomenderos y el mal trato recibido por los indígenas de la isla le suscitaron dudas sobre la legitimidad del sistema de encomiendas y desde ese momento se convierte en ardiente defensor de los indígenas a lo que dedicaría su vida.

Ingresó en la Orden de los Predicadores en 1522. En 1527 publica su gran obra, Historia de Indias.

Consecuencia de su lucha se hace la Junta de Valladolid cuya conseuencia fue la promulgación de las Leyes Nuevas el 20 de noviembre de 1542 y la reorganización del Consejo de Indias en 1543. Estas leyes supusieron el triunfo de las ideas lascasianas, y establecían, entre otras cosas, la prohibición de la esclavitud de los indígenas, y se ordenaba que éstos quedaran libres de los encomenderos y fueran puestos bajo la protección directa de la Corona. Se disponía además que, en lo concerniente a la penetración en tierras hasta entonces no exploradas, debían participar siempre dos religiosos que vigilarían que los contactos con indígenas se llevaran a cabo en forma pacífica para propiciar su conversión. En marzo de 1543 fue presentado para el obispado de Chiapas al que renuncia en 1552. Se dedica a reelaborar la Historia de las Indias y publica la Brevisima relación de la destrucción de las Indias y otras obras.