Este convento fue fundado el 10 de enero de 1599, en unas casas que cedió en testamento Cosme Lezcaro, vecino de la villa. Fueron los III marqueses de Estepa (don Juan Bautista Centurión y doña María Fernández de Córdoba), a petición del Concejo de la Villa, los que llevaron a término dicha fundación. Para dotar de fondos al mantenimiento de las religiosas, la hija de los marqueses, María Centurión, donó los bienes que le correspondían de la herencia paterna y materna al convento. La fundación se hizo efectiva con la llegada de varias religiosas procedentes del monasterio de Santa María de Jesús de Sevilla (sor Juana de la Magdalena, abadesa; sor Isabel de la Coronada, vicaria; sor Luisa de la Concepción, maestra de novicias; sor Juana de la Encarnación y Sor Mariana de Jesús), que entraron al cenobio junto a la citada hija de los marqueses, que profesó con el nombre de sor María de Santa Clara.

En 1621 se finalizó la construcción de la iglesia, aunque siguieron ampliándose las dependencias del convento en los años siguientes.

El patronato de los marqueses de Estepa permitió al cenobio acumular un importante patrimonio artístico, que no dejó de incrementarse desde finales del siglo XVI en adelante (hasta el siglo XX).

En las centurias posteriores la comunidad de religiosas continuó su actividad con normalidad, y aún en la actualidad sigue desempeñando distintas labores, entre las que destaca su actividad repostera, iniciada en 1900.

Se desconoce la autoría de la edificación de la iglesia del convento, aunque la construcción de su bóveda se debió al maestro Mateo Orellana. Presenta una sola nave cubierta con bóveda de medio cañón y cúpula de media naranja en el antepresbiterio.

Su única portada exterior es de estilo manierista, realizada en piedra y presenta un frontón partido con hornacina superior donde se aloja una imagen de la titular, Santa Clara.

En su interior destaca el retablo mayor, de estilo barroco-salomónico, elaborado en 1708 por el maestro retablista Pedro Ruiz Paniagua. Lo preside la escultura de San Francisco de Asís, de la primera mitad del siglo XVII. En los laterales hay otros retablos menores, datados en la primera mitad del siglo XVIII, que pudieron ser elaborados por el ensamblador antequerano Antonio de Ribera.

Todo el interior del templo está ornamentado con un conjunto de pinturas realizadas por un desconocido artista sevillano hacia finales del siglo XVII o comienzos del siglo XVIII, que enmarca con motivos vegetales representaciones de santos franciscanos fundidos con otros dominicos, los Evangelistas y los Padres de la iglesia.

La sala capitular es otro espacio densamente decorado con pinturas encastradas en el muro componiendo un relato iconográfico curioso, sin hilo conductor claro, cuya formación parece haber sido por agregación de temas. Todas estas pinturas son del siglo XVII y fueron elaboradas por diferentes artistas.

En el coro destacan dos grandes cuadros de altar: la Inmaculada y el Camino del Calvario.

De las abundantes esculturas dispuestas en la clausura, cabe señalar el Crucificado, realizado en pasta y de posible procedencia americana; la Virgen del Rosario, de principios del siglo XVII; el Cristo del Amor; una Santa Catalina de alabastro, obra italiana de finales del siglo XVII procedente de Argel; una colección de Niños Jesús, entre los que sobresale el Niño dormido, elaborado en plomo; el Busto de Dolorosa, vinculable a la producción del antequerano Diego J. Márquez y Vega, del siglo XVIII; la efigie de san Joaquín con la Virgen Niña, relacionada con el taller madrileño del escultor Luis Salvador Carmona; y otro Crucificado asociado a la producción de Luis Salvador Carmona.

El convento también alberga un ajuar de plata y bordados que recorre una banda cronológica que se extiende desde el siglo XVII al XIX. La mayoría de las piezas son de producción española, exceptuando un relicario de oro, cristal de roca y perlas de origen italiano, datado a finales del siglo XVI.