Fundado en 1489 por doña Marina de Villaseca, hija de Alonso Fernández de Villaseca y viuda de García de Montemayor. En un primer momento utilizó el espacio de sus propias casas, donde habitó inicialmente acompañada de otras mujeres devotas en reclusión voluntaria. En 1483 acabó constituyendo un beaterio sujeto a la regla de San Francisco en la ermita de Nuestra Señora de la Visitación, donación del obispo don Íñigo Manrique. Por bula del papa Inocencio VIII, fechada en Roma a 6 de enero de 1491, la comunidad consiguió la primera regla de Santa Clara, además de la traslación del monasterio a su localización actual.

En 1502, por iniciativa de los condes de Gelves (Jorge Alberto de Portugal y Melo y su esposa Felipa de Melo), Marina de Villaseca salió de este cenobio para fundar el de Santa María de Jesús de Sevilla en ese mismo año.

El convento de Santa Isabel de los Ángeles fue lugar de enterramiento de nobles familias, entre las que destacan los marqueses de Villaseca, del Carpio, de Almunia y de Guadalcázar, que efectuaron donaciones y labores de patronato a favor del mismo.

En los siglos posteriores su comunidad de religiosas continuó ejerciendo sus funciones con normalidad hasta la invasión francesa, coyuntura a la que logró sobrevivir el cenobio a pesar de sufrir robos de patrimonio artístico de su interior por parte de las tropas francesas.

También padecieron los efectos de la desamortización, debiendo vender algunas de sus propiedades que fueron destinadas a ensanchar algunas de las calles aledañas al edificio claustral.

Durante la Guerra Civil su arquitectura sufrió los devastadores efectos de los bombardeos, circunstancia por la cual el convento se vio obligado a vender una huerta que le quedaba a fin de poder afrontar las necesarias obras de restauración.

El espacio conventual de Santa Isabel de los Ángeles está constituido por la iglesia, concluida en 1576, mientras que otros edificios del conjunto, como la Sacristía, datan del siglo XVII.

La nueva iglesia construida en 1576 constaba de una planta rectangular con una sola nave cubierta por bóveda de cañón y con portada adintelada. En ella destaca el altar mayor de yeso, sujeto al orden dórico, separado del resto del templo por una verja. En su centro muestra un relieve de la Visitación, también de yeso, que sustituye el cuadro de igual temática pintado en el siglo XVII por Antonio del Castillo y perdido durante la invasión francesa. Este relieve está rodeado por cuatro lienzos que representan a San Francisco (dos de ellos), Santo Domingo y San Diego de Alcalá.

En el interior del templo hay otros cuatro altares dedicados a las Vírgenes de los Dolores y Concepción, y los patriarcas de la orden: San Francisco y Santa Clara.

En la fachada del convento se localiza una portada del siglo XVII enmarcada por pilastras jónicas que finalizan en un frontón curvo partido por un relieve de la Visitación, alusivo al patrocinio de santa Isabel. En la fachada también figuran los escudos nobiliarios de los Córdoba y los Figueroa. En el exterior del cenobio también se sitúa el lienzo del Nazareno de la muralla o Cristo del Adarve, de Juan Manuel Ayala.

El convento presenta interesantes muestras del manierismo cordobés, así como pinturas y tallas en madera y piedra del siglo XVII. En su interior se conserva un cáliz trabajado hacia 1550 por los plateros cordobeses Juan Sánchez y Alonso Ortiz. También alberga una imagen de San Pancracio (de gran veneración popular), otra de Jesús de la Penas, una escultura del Niño Jesús, y otras dos que representan sendas cabezas de Jesús coronado de espinas (donación de Diego López de Haro, de la casa de los marqueses del Carpio) y San Juan Bautista. En la zona de clausura del convento también se conserva la imagen de la Virgen de las Navas, estatuilla gótica de alabastro datada a mediados del siglo XV, de autor desconocido.

Asimismo el cenobio alberga cinco grandes lienzos con escenas de la vida de Santa Clara, y otros que representan a San Antonio, Santa Rosa de Viterbo, San Pedro de Alcántara, San Luis de Francia, Santa Inés, Santa Isabel de Portugal, San Luis de Tolosa y Santa Clara con el Niño Jesús. Todos ellos fueron producidos por el artista lucentino Leonardo Antonio de Castro, quien los confeccionó para el convento de Santa Clara de Lucena y que, por clausura de dicho cenobio, se custodian desde 1972 en el de Santa Isabel de los Ángeles.

El convento ha sufrido importantes reformas, la última de ellas llevada a cabo en 1974.