El Hospital de San Juan Bautista de Benavente fue fundado por la Orden Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, posiblemente a finales del siglo XII o principios del siglo XIII, coincidiendo con el establecimiento de una encomienda de la orden en Benavente. Está considerado el hospital más antiguo de Benavente.

De acuerdo a la estructura habitual de las fundaciones, la edificación destinada a hospital estaba con probabilidad aneja a la casa de la encomienda y a la iglesia, en este caso a la iglesia de San Juan del Mercado. Como en otras ocasiones, iglesia y hospital compondrían los dos elementos articuladores del núcleo sanjuanista, como indica Carlos de Ayala. A parte del fin propiamente militar del enclave, el objetivo primordial del hospital era la atención asistencial a los peregrinos, en especial a los peregrinos del Camino de Santiago. Se tiene constancia de que en 1313, se le agregaron rentas del Temple a raíz de la supresión de esta orden, por lo que tradicionalmente, se ha supuesto que el hospital primitivo se ubicó en el solar de un antiguo hospital templario.

La Orden de San Juan estuvo fuertemente asentada en Benavente hasta su desaparición en el siglo XIX, como indica Elena Hidalgo. No obstante, durante los siglos XVIII y XIX vivió conflictos relativos a su jurisdicción temporal con el Conde de Benavente, y a su jurisdicción eclesiástica con el Obispado de Oviedo, diócesis con la que disputaba su autoridad sobre la iglesia de San Juan del Mercado.

En 1565 el hospital se encontraba administrado por una cofradía de nobles que residía en dicha iglesia, situación que se mantuvo durante los siglos XVII y XVIII. Hacia 1625 dicha cofradía mantubo un pleito con el prior por su independencia jurisdiccional en la Real Chancillería de Valladolid. Unos dos años antes, la misma institución había abordado la construcción de un edificio de nueva planta para el hospital, que ejecutó parcialmente el maestro de cantería de origen trasmerano Rodrigo de la Cantera.

El final de la encomienda sanjuanista ocurre con motivo de la incorporación de las encomiendas a la corona por el decreto de 20 de enero de 1802, debido a la toma de Malta por los franceses. Pero la apertura de una nueva etapa en la administración del hospital comienza en la Guerra de la Independencia. Las tropas francesas entran en Benavente e incendian la villa en 1808, e inmediatamente después, el general Kellermann realiza la unión de hospitales, nombrando como director de todos ellos al subintendente José Solís. El Hospital de San Juan se trasforma entonces en hospital militar, y sus enfermos se trasladan al Hospital de la Piedad, convertido en hospital de civiles. En 1810 José Napoleón agrega al Ayuntamiento los bienes de la encomienda de Benavente y Rubiales. Tras la guerra, el hospital pasó a manos del Ayuntamiento, que creó un patronato para su administración.

En virtud de la ley de Beneficencia de 1849, se dictó la real orden de 1855 declarándolo hospital de partido, con cargo a los fondos provinciales. En 1868, con la supresión de las juntas de beneficencia, pasa a depender de la Diputación Provincial de Zamora. Desde 1890 se encargaron de su atención las Hermanas de la Caridad, que abrieron en el mismo lugar una escuela para niñas, regentando ambas instituciones hasta el primer tercio del siglo XX. Alrededor de los años treinta del siglo XX, el Hospital pasó desde el Ayuntamiento a pertenecer a la Diputación Provincial, denominándose "Policlínica Regional de Urgencias".

Existe documentación complementaria relativa al Hospital de San Juan Bautista en:

Archivo de la Diputación Provincial de Zamora

Archivo Municipal de Benavente (Zamora)