Secretario de origen napolitano desarrolló una larga carrera al servicio de la Monarquía. Desde finales de la década de 1530, formó parte del séquito del emperador Carlos V. En 1543 fue nombrado contador de artillería del ejército de Lombardía y Piamonte y entre 1549 y 1555 fue contador general de la armada de Andrea Doria. Estando al servicio del duque de Alba, fue nombrado secretario de la cancillería del reino de Nápoles y pasó luego a Bruselas en 1558. Ese mismo año fue hecho secretario del reino. Se vio afectado muy negativamente por la visita efectuada por Gaspar de Quiroga en el reino napolitano y fueron varios los cargos que se le imputaron. Entre ellos, uno de los más graves fue el de haber actuado como secretario sin tener la confirmación real para ello. Fue suspendido de sus funciones aunque en 1565 fue nombrado proveedor general de la armada para el socorro de Malta. Fue promovido al cargo de secretario por Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, con el objetivo de tener un cierto control sobre los asuntos del medio hermano del rey. Desde esa posición de influencia trató de ser compensado por las penas que se le habían impuesto a raíz de la visita de Quiroga. Estuvo junto a don Juan de Austria durante la campaña contra los moriscos en las Alpujarras y también durante las acciones de la Santa Liga contra el turco. Tras la muerte del príncipe de Éboli perdió la confianza regia y fue destituido del cargo en 1573. No obstante esto, el secretario y don Juan trataron de mantener la relación y como proveedor de la armada para la conquista de la plaza de Túnez, Soto animó a su antiguo señor a mantener la posición frente a la opinión contraria del duque de Sessa y Marcelo Doria. La pérdida de Túnez y la marcha de don Juan de Austria a Flandes supusieron el alejamiento definitivo entre ambos.