En el contexto del proceso de desmantelamiento jurídico del Antiguo Régimen se dictó el Real Decreto de 16 de junio de 1834 por el que se daba una planta común a todas las Secretarías del Despacho y se creaba una Subsecretaría en cada una de ellas. Poco después, por Real Decreto de 18 de julio de 1834, en el que se daba nueva planta a la Secretaría del Despacho de Hacienda, se dotó a la Subsecretaría de la misma de su primera estructura interna y atribución de funciones. La citada norma organizaba la Subsecretaría en dos Mesas: la primera encargada de los asuntos de correspondencia, propuestas de empleos y personal y la segunda de los de preparación de leyes además de la dirección de un Negociado de Jubilaciones y cesantías. Además de la Subsecretaría, el Real Decreto recogía la existencia de una Secretaría General encargada del Registro de correspondencia y del Registro de Órdenes y de la que dependía una Jefatura de Mesa a cargo del Archivo del Ministerio.

En los años siguientes la existencia de la Subsecretaría se vería sometida a continuos vaivenes. Así por Real Decreto de 30 de septiembre de 1835, la Subsecretaría fue suprimida, repartiéndose sus competencias entre la 1ª Sección del Ministerio y los Jefes de las cuatro restantes Secciones. Sin embargo, el Real Decreto de 30 de septiembre de 1836 reestableció el cargo de subsecretario (sin especificar sus funciones), siendo nuevamente suprimido por Real Decreto de 12 de agosto de 1842. Quedaron entonces las competencias del Subsecretario al cargo de un Oficial Mayor creado al efecto. La Ley de Presupuestos de 1843 reestablecería una vez más la figura del Subsecretario, si bien un Real Decreto de 23 de mayo de 1845 atribuiría sus funciones a la Secretaría del Ministerio.

Un nuevo Real Decreto de 11 de junio de 1847 reforzaría extraordinariamente las competencias de dicha Secretaría, que pasaría a estar compuesta por un Negociado General y ocho Secciones (de Contribuciones, Impuestos, Aduanas, Tabacos, Sales, Sello y Timbre, Ultramar y Archivo y Estadística respectivamente). No obstante, la ambiciosa reforma de 1847 se vería truncada pocos meses más tarde, pues un Real Decreto de 14 de enero de 1848 reestablecería la Subsecretaría del Ministerio con la misma organización interna y funciones de 1834. En él la institución quedaba definida como Subsecretaría o Secretaría particular del ministro, inaugurando con ello una larga etapa de ambivalencia en su denominación.

Por Real Decreto de 20 de junio de 1850 se mantuvo la estructura interna de la institución fijada en 1848 pero se incrementaron de modo notable las competencias del Subsecretario al poner bajo su cargo, entre otros asuntos, los Negocios de Ultramar (que sólo permanecerían bajo la Subsecretaría hasta la creación de la Dirección General de Ultramar en enero de 1851) y el Tribunal Mayor de Cuentas. Además, el Real Decreto creaba el Consejo del Ministerio de Hacienda, órgano colegiado en el que participaba el Subsecretario. La política de incremento de las competencias de la Subsecretaría continuó en los años siguientes culminando en el Real Decreto de 27 de agosto de 1855 por el que se le atribuyeron la Comunicación con los Cuerpos Colegisladores, Clases Pasivas, Personal de la Administración Provincial, Superintendencia de la casa, Boletín Oficial y Presupuestos y Cuentas generales del Estado, entre otras.

Habría que esperar a los últimos meses del reinado de Isabel II para que la Subsecretaría del Ministerio conociese una nueva reforma en profundidad. El Real Decreto de 21 de agosto de 1868 fijaba la existencia de una Secretaría del Ministerio presidida por el Subsecretario y acometía un nuevo reparto de funciones. Mientras que la Secretaría perdía su competencia en indultos, Bancos de emisión o Clases Pasivas, se afirmaba la correspondiente a otras cuestiones como la formación de los presupuestos generales, la intervención en órganos directivos colegiados (la Junta de Directores, en este caso), la dirección del Boletín Oficial del Ministerio o su Archivo General. Pese a la convulsa situación política del país en los años siguientes, la estructura y funciones de la Secretaría de Hacienda no sufriría grandes cambios, de suerte que el Decreto de 18 de febrero de 1871 por el que se aprobó el Reglamento para el régimen y tramitación de los negocios del Ministerio, mantuvo al Subsecretario al frente de la Secretaría así como sus funciones a las que se sumó la tramitación de recursos de alzada contra los acuerdos de las Direcciones Generales del Ministerio.

El inicio de la Restauración, marcaría una nueva etapa de reformas en la Administración. Así, el Decreto de 5 de enero de 1875 redefinió las atribuciones del Subsecretario asignándole nuevamente las de los Reales Decretos de 1834, 1848 y 1850. La institución no conocería cambios relevantes hasta 1888, cuando se fijó una nueva planta para la Subsecretaría por Real Decreto de 26 de junio. Ésta quedó articulada en dos Secciones (Secretaría e Inspección), manteniendo esta estructura hasta el Real Decreto de 29 de diciembre de 1892. Conforme a éste, la Subsecretaría quedó organizada en un Negociado Central, Inspección, Laboratorio Central de Análisis Químico y Portería, además de una Sección de Propiedades de nueva creación encargada de los asuntos hasta entonces encomendados a la Dirección General de Propiedades y Derechos del Estado.

La década de 1890 se caracterizaría por una gran profusión normativa entre la que cabe destacar por su especial relevancia la reorganización del Ministerio de Hacienda acometida en 1895. Los Reales Decretos de 16 de julio y 3 de diciembre y la Real Orden de 5 de diciembre irían perfilando progresivamente la organización interna de la Subsecretaría. A la postre ésta quedaría integrada por una Sección de Asuntos Generales y otra de Tributación. La primera de ellas repartía sus competencias entre un Negociado Central, encargado de cuestiones comunes a todo el Ministerio (personal, Superintendencia, Archivo, Registro.) y otros cinco negociados encargados, entre otras cuestiones, de tramitar los recursos de alzada, queja y extraordinarios de las distintas Direcciones Generales del Ministerio así como de la Junta de Clases Pasivas. Por su parte, la Sección de Tributación quedó constituida por una unidad encargada de la Inspección General y Estadística Tributaria y un Negociado de Presupuestos. Además, la Real Orden de 5 de diciembre crearía en el ámbito de la Subsecretaría una Junta de Directores encargada de la discusión de asuntos de especial importancia.

El comienzo de siglo trajo consigo nuevos cambios en la organización de la Subsecretaría, cuyas funciones serían detalladas especialmente por los Reales Decretos de 18 de enero y 3 de septiembre de 1902 y el de 13 de octubre de 1903. Sería no obstante el Real Decreto de 15 de agosto de 1903 el que determinaría su estructura distribuyendo las competencias al cargo de la Subsecretaría en cinco Secciones: Secretaría (equivalente por sus funciones a la Sección de Asuntos Generales de 1895); Inspección del Servicio; Estadística y Estudios comparativos (que junto con la anterior asumía las competencias de la Sección de Tributación de 1895); Tribunal Gubernativo y Registro (encomendado a la Sección de Asuntos Generales en 1895).

Mención aparte merece el citado Tribunal Gubernativo del Ministerio de Hacienda creado por Real Decreto de 29 de diciembre de 1892 y que asumió la tramitación y resolución del procedimiento de reclamación económico-administrativo creado por la Ley de bases de 31 de diciembre de 1881. Tras una primera etapa de inestabilidad (fue suprimido en 1895 y 1901), fue restablecido definitivamente por Real Decreto de 16 de diciembre de 1902, recayendo la presidencia en el Subsecretario del Ministerio. En el Real Decreto de 15 de agosto de 1903, el Tribunal quedaría integrado como Sección 3ª en la Subsecretaría. Así permanecería hasta septiembre de 1923, en que la presidencia pasaría al Director General o Vocal más antiguo. El Tribunal Gubernativo se extinguió definitivamente por Real Decreto de 16 de junio de 1924, que creó el Tribunal Económico-Administrativo Central como órgano encargado del procedimiento de reclamación económico-administrativo bajo la presidencia del director general de lo Contencioso.

Por lo que se refiere a la Subsecretaría, sus funciones se verían ampliadas por Real Decreto de 29 de julio de 1906 por el que la Sección de Catastro y Registros Fiscales, hasta entonces adscrita a la Dirección General de Contribuciones, Impuestos y Rentas, pasaba a depender de la misma. Nuevas normas en septiembre de 1917 y julio de 1920 vinieron a completar sus competencias destacando especialmente la creación de una Sección de Carabineros dedicada a asuntos de servicio general sobre distribución, situación de las fuerzas, acuartelamientos y el Resguardo para perseguir el fraude y contrabando.

La estructura administrativa de la Subsecretaría del Ministerio de Hacienda de principios de siglo se mantuvo prácticamente vigente hasta 1925, momento en que ésta fue suprimida, junto al resto de Subsecretarías de Ministerios, por Real Decreto de 4 de diciembre del Directorio de Primo de Rivera. El Ministro asumió las funciones que le estaban conferidas a la extinta Subsecretaría, delegando la firma de los asuntos de trámite ordinario de su Departamento en uno o varios Directores Generales o Jefes Superiores.

Por Real Decreto-Ley de 4 de febrero de 1930 se restableció la Subsecretaría del Ministerio de Hacienda con todas las funciones que tenía al ser suprimida, salvo las asumidas por el Tribunal Económico Administrativo Central. Ya durante la Segunda República, el programa reformista en materia de Hacienda Pública se plasmó en la Ley de bases de 3 de diciembre de 1932, en la que se esbozaron sus líneas maestras. En desarrollo de la citada Ley se creó el Consejo de Dirección del Ministerio de Hacienda por Decreto de 30 de diciembre de 1932, cuya vicepresidencia recayó en el Subsecretario. Asimismo, un Decreto de 7 de agosto de 1934 adscribió siete organismos a la Subsecretaría (Inspección General de Seguros y Ahorros, Juntas Consultivas de Seguros y Ahorros, Consejo de Dirección del Seguro Obligatorio de Viajeros, Junta Asesora del Seguro Obligatorio de Viajeros, Tribunal Arbitral del Seguro Ferroviario, Cuerpo Técnico de Inspección de Seguros y Ahorros y Cuerpo Auxiliar de Inspección de Seguros y Ahorros).

Iniciada la Guerra Civil el bando sublevado puso los cimientos de su administración en la Ley de 30 de enero de 1938, por la que se organizaba la Administración Central del Estado y en la que no se mencionaba la Subsecretaría entre los organismos dependientes del Ministerio de Hacienda. Hubo que esperar al decreto de 2 de marzo de 1938 de reorganización de los servicios dependientes del mismo para que volviese a aparecer la Subsecretaría con sus funciones repartidas entre la Oficialía Mayor y la Inspección de Servicios y Tributos. Tras la Guerra, la Ley de 23 de septiembre de 1939 sobre modificaciones en la organización del Ministerio de Hacienda integró en el mismo la Fábrica Nacional de Moneda y Timbre, regida por un administrador dependiente de la Subsecretaría. Por otra parte, una Orden de 22 de diciembre de 1941 creó bajo presidencia del Subsecretario una Comisión Coordinadora Delegada del Comité Central de Inspección encargada de coordinar la acción de inspección tributaria que afectase a más de una Dirección General.

Diez años más tarde, por Orden de 30 de julio de 1951, se delegaron algunas facultades detentadas por el Ministro de Hacienda en la persona del Subsecretario, conforme al procedimiento establecido por el Reglamento orgánico de la Administración Central de la Hacienda de 1903. No habría novedades en la estructura de la Subsecretaría hasta la Orden de 9 de abril de 1954, por la que se creó, en directa dependencia de la misma, una Oficina encargada de la concesión de las exenciones fiscales establecidas en el Anexo Único al Convenio de ayuda a la Mutua Defensa firmado con los Estados Unidos en 1953.