Pintor flamenco, discípulo y colaborador de Lorenzo de Ávila. Residente en Toro y Ciudad Rodrigo, activo además en Ávila, León, Zamora, Valladolid y Palencia. Durante mucho tiempo se le ha considerado el hijo del toledano Juan de Borgoña que supuestamente se habría trasladado a Toro, por lo que se le ha conocido bajo las denominaciones de Juan de Borgoña el Joven o Juan de Borgoña II. Gracias a un pleito conservado en el Archivo de la Real Chancillería de Valladolid se sabe que vino a España directamente, y por tanto se le ha desvinculado de su homónimo toledano.

Se desconoce la fecha de su llegada, pudo ser hacia 1515 o quizá en 1517 coincidiendo con la venida de Carlos V, y al parecer debía ser tan joven como el monarca. No tenemos apenas noticias de sus primeros años en Castilla, aunque según Juan Carlos Pascual de Cruz pudo relacionarse con el pintor Juan de Flandes en Palencia, cuando ejecutaba el retablo mayor de la Catedral. Entorno a 1520, debió entrar en contacto con su maestro Lorenzo de Ávila y además con otros artistas presentes en la zona de Palencia y Valladolid, como Felipe Bigarny y Alonso Berruguete.

En 1557 Juan de Borgoña reside en Toro pero desligado del taller de su anciano maestro y asociado con el dorador Francisco de Valdecañas en la producción de retablos. En 1563 se encuentra trabajando en Ciudad Rodrigo, donde fallecerá dos años más tarde. En su testamento de 1565 se dice vecino de la ciudad salmantina, aunque su mujer y sus hijos seguían viviendo en Toro. Por este documento sabemos que, además de trabajar para el Obispo de Ciudad Rodrigo, le debían obras en las actuales provincias de León, Zamora, Valladolid y Palencia.

Colaboró abundantemente en el taller de Lorenzo de Ávila, realizando la factura parcial de muchas de sus obras, producidas casi industrialmente. En exclusiva, se le atribuye actualmente la autoría del retablo de la Capilla del Pazo Quiñones de León del Museo municipal de Vigo, y una tabla de Santiago en la batalla de Clavijo en el Museo de las Peregrinaciones de Santiago de Compostela. Según Pascual de Cruz, pudo ser el autor de la pintura de la desaparecida capilla del Hospital de Sotelo en Zamora.