Durante la guerra civil española en la zona controlada por el ejército sublevado se sucedieron distintos organismos que asumieron el papel de gobierno central y se aprobaron varias normas regulando la estructura de la Administración Central del Estado.

La Junta de Defensa Nacional asumió las funciones de gobierno provisional entre el 24 de julio y el 2 de octubre de 1936, siendo sustituida a partir de esa fecha por la Junta Técnica del Estado. El 31 de enero de 1938 dicha Junta fue sustituida a su vez por un Gobierno de la Nación compuesto por una Presidencia, una Vicepresidencia, un Secretaría y once Ministerios: Asuntos Exteriores, Justicia, Defensa Nacional, Orden Público, Interior, Hacienda, Industria y Comercio, Agricultura, Educación Nacional, Obras Públicas y Organización y Acción Sindical.

Esta organización fue modificada por una ley de 29 de diciembre de 1938. Los ministerios se redujeron a diez, al unificarse los de Interior y Orden Público en un único Ministerio de la Gobernación.

La ley de 8 de agosto de 1939 modificó de nuevo la Administración Central del Estado al establecer una nueva estructura ministerial: Asuntos Exteriores, Gobernación, Ejército, Marina, Aire, Justicia, Hacienda, Industria y Comercio, Agricultura, Educación Nacional, Obras Públicas y Trabajo.

Se suprimió la Vicepresidencia del Gobierno, cuyas funciones pasaron a depender directamente de la Presidencia del Gobierno. Para ello se creó la Subsecretaría de la Presidencia, que asumió las funciones desempeñadas hasta ese momento por la Vicepresidencia, entre otras.

Asimismo, se creaba la Junta de Defensa Nacional, bajo la presidencia del Jefe del Estado, compuesta por los tres Ministros del Ejército, de Marina y del Aire y los Jefes de Estado Mayor de los tres ejércitos. Asimismo, como órgano directivo del trabajo de la Defensa Nacional y coordinador de los tres Estados Mayores de tierra, mar y aire se creaba, también a las órdenes directas del Jefe del Estado, un Alto Estado Mayor que estaría dirigido por un general e integrado por personal especializado procedente de las tres ramas del ejército.