Marino, almirante de la Flota de Indias. Hijo de Juan Flores de Quiñones, señor de la Casa de Las Morteras, y de Urraca de Valdés y Doriga, hija de Fernando García de Doriga, señor de la Casa de Doriga.

Inicia su carrera militar en 1553, año en que sirve la armada de Flandes al mando del adelantado Pedro Menéndez de Avilés. Posteriormente participó en las campañas contra Inglaterra y del mar del Norte. En 1565 es nombrado almirante de la expedición del adelantado Pedro Menéndez de Avilés a La Florida. En 1566 es recompensado por sus servicios a la Corona con el nombramiento de capitán general de la flota de Tierra Firme (1569-1583) y con el hábito de la Orden de Santiago, de la que acabará siendo comendador de la Oreja.

En 1575 se convirtió en capitán general de la Armada Real de la Guarda de Indias.

En el año 1581 le encomendó el mando de la flota encargada de asegurar el paso del estrecho de Magallanes junto a Pedro Sarmiento de Gamboa, gobernador y capitán de esta región, campaña que fracasó.

A su vuelta en 1584 permaneció en España y participó en la empresa de la Armada Invencible, a cuyo mando estuvo la escuadra castellana, aunque finalmente fue considerado unos de los principales responsables de su fracaso, por lo que fue procesado y encarcelado en Burgos.