Teólogo y político español. Nació el 24 de agosto en el seno de una familia carlista. En septiembre de 1943 ingresó en el Colegio de San José de los Jesuitas de Durango. Dos años más tarde se trasladó a la escuela apostólica de Javier, en Navarra, para cursar bachillerato hasta 1949. Ese año ingresó en el seminario de Oña (Burgos) y en 1956 comenzó a impartir clases de lengua y literatura española en el Colegio El Salvador de Zaragoza. En el curso 1957-1958 se matriculó en la Facultad de Filosofía y Letras y en la de Derecho de esa misma ciudad. Finalizado Derecho es destinado al seminario jesuita de Santk Georgen, Frankfurt, para concluir sus estudios de Teología. El 27 de agosto de 1963 es ordenado sacerdote. Dos años más tarde, en 1965 y tras acabar su carrera de Teología es destinado al Colegio del Santo Duque de Gandía en Valencia. Durante el curso 1966-67 impartió clases como ayudante del profesor Pablo Lucas Verdú en la Universidad de Deusto. Durante ese mismo curso presenta un proyecto de tesis doctoral, que no termina, titulado La Unión Cristiano-Demócrata de Bonn en la Universidad Complutense de Madrid. En octubre de 1969 se incorporó a la Facultad de Ciencias Políticas, Económicas y Comerciales de Madrid, en el departamento de Teoría del Estado dirigido por el Catedrático Carlos Ollero Gómez. Durante su breve estancia publica algunos artículos en el Boletín Informativo de Ciencia Política que edita la Cátedra de Teoría del Estado: La nueva izquierda Alemana, La oposición extraparlamentaria y Alemania entre dos eras, entre marzo y junio de 1970.

Comienza a interesarse por la política hasta ingresar en el Partido Nacionalista Vasco. El 7 de diciembre de 1970 el boletín oficial de la Santa Sede publica su salida de la Compañía de Jesús. En 1971 contrae matrimonio con Begoña Loroño Bilbao, a quien había conocido en la Universidad de Deusto. Ese mismo año abre despacho con los abogados Santiago Eire Taboada y Javier Chalbaud. Se reincorpora a la actividad docente, impartiendo clases de Derecho Político en la Facultad de Ciencias Económicas de Sarriko y, luego, en la de Derecho de la Universidad de Deusto hasta 1977.

Desde principios de los setenta mantiene contactos esporádicos con varios militantes de Euskadi ta Askatasuna (ETA), entre ellos José Luis Alvarez Emparantza, «Txillardegi». En 1971, a petición de Luis Mari Retolaza fue nombrado miembro del Consejo Regional de Bizkaia y poco después entra a formar parte del Euskadi Buru Batzar, junto a algunos de los veteranos dirigentes del Partido, como el propio Retolaza, Sabin Zubiri, Luis Bergaretxe o Txomin Saratxaga. Fue uno de los hombres de confianza del dirigente más importante del PNV en el interior, Juan Ajuriaguerra.

A partir de ese momento mantendrá una intensa actividad en este partido, manteniendo reuniones con otros representantes de la vida política de la Transición. Durante el verano de 1974 participa junto con Luis María Retolaza en Bayona (Lapurdi) en un encuentro con Rafael Calvo Serer, representante de la Junta Democrática. Tras la muerte de Franco, en noviembre de 1975, los contactos políticos se intensifican. En octubre de 1976 participa en la reunión que mantienen Luis María Retolaza y Mikel Isasi con Rodolfo Martín Villa, Ministro de Gobernación y Jose Ramón Onega, director General de Política Internacional, donde se ponen de relieve los planes del gobierno español para llevar a cabo la Transición política.

En 1977 es elegido Diputado por el Partido Nacionalista Vasco en Gipuzkoa y durante los siguientes años vuelca toda su actividad en el Parlamento español, donde actúa como portavoz de la Minoría Vasca en el Congreso. En enero 1978 constituye junto con Juan Ajuriaguerra, Carlos Garaicoetxea, Marcos Vizcaya, Juan José Pujana y Pedro Sodupe un equipo encargado de preparar una serie de enmiendas al anteproyecto de Constitución elaborado por los ponentes del Congreso.

El 20 de junio de 1978 los siete grupos parlamentarios pactan una enmienda por la que se amparan y reconocen los derechos históricos de los territorios forales y se propone la actualización general de dicho régimen. La abstención del PNV frente a la Constitución española sería de importancia en el futuro inmediato. La muerte de Juan Ajuriaguerra y su posterior relevo marcaron decisivamente este proceso. A principios de julio de 1979 encabezó el grupo nacionalista que, junto con Carlos Garaicoetxea, Emilio Guevara, José Luis Cuerda y Juan Mari Ollora, estuvo encargado de la negociación del Estatuto de Autonomía. Reelegido en los comicios del 79, deja a finales de ese mismo año su escaño para incorporarse a la Ejecutiva del Partido en Bizkaia. El nombramiento de Carlos Garaicoetxea como Lehendakari del Gobierno Vasco en junio de 1980 facilita el ascenso y consolidación de Arzalluz al frente del partido. Desde finales de 1978, dentro del PNV se vive una importante crisis interna entre la línea defendida por el industrial bermeano Antón Ormaza, conservadora, sabiniana, independentista y abstencionista; y aquella en la que se sitúa la de Xabier Arzalluz, influenciada por la experiencia de la democracia cristiana y la socialdemocracia europeas, sin abandonar completamente el confesionalismo católico.

La expulsión de los bermeanos constituye uno de los capítulos más importantes en el seno del Partido. Entre 1980 y 1982 tomó parte en las diferentes comisiones del PNV que establecen contactos con ETA. El 18 de enero de 1980, tres meses después de aprobarse el Estatuto de Guernica y a falta de dos meses para las primeras elecciones a la Cámara Vasca, Xabier Arzalluz y el resto de diputados nacionalistas abandonan el congreso de Diputados en protesta por la política autonomista del Gobierno. La crisis latente dentro del PNV se desata a raíz de la elaboración de la Ley de Territorio Históricos. Esta cuenta con una fuerte oposición dentro del propio Partido. Frente al proyecto defendido por el Lehendakari Garaicoetxea, que pretende reforzar el protagonismo del Gobierno Vasco, la postura de Arzalluz es favorable al mantenimiento de la personalidad de los tres territorios que componen la Comunidad Autónoma Vasca. El 16 de mayo de 1984 Arzalluz deja el Euzkadi Buru Batzar (EBB) y marcha a Inglaterra con una beca para estudiar inglés en la Universidad de Cambridge. El ingreso en el Mercado Común, la favorable posición frente a la OTAN y el futuro pacto con los socialistas, fuerzan la crisis del partido. Garaikoetxea anuncia su dimisión como Lehendakari y el partido proclama a José Antonio Ardanza como candidato. Arzalluz regresará a Euskadi el 15 de octubre, incorporándose como profesor de Derecho Político a la Universidad de Deusto. El 25 de febrero de 1986 vuelve a asumir la dirección del PNV.

En enero de 1988 Arzalluz clausura el congreso de su Partido en el Teatro Arriaga de Bilbao, el acto tiene una gran trascendencia mediática por lo que tiene de autocrítica y será conocido como «Espíritu del Arriaga». El 12 de enero de 1988 Arzalluz suscribe en nombre del PNV el «Pacto de Ajuria Enea», que marcará, junto con el pacto establecido con los socialistas, un importante periodo de moderación.

En noviembre de 1996 el PNV de Arzalluz llegó a un nuevo pacto, esta vez con el Partido Popular, de José María Aznar. El aislamiento de Herri Batasuna, proclamado por el Lehendakari Ardanza, dió paso a una nueva etapa que se rompe con la firma del Pacto de Lizarra (setiembre de 1998) y la creación de la denominada Udalbiltza (Asamblea de Municipios Vascos). La polémica sobre el papel de los nacionalistas moderados en los pactos establecidos con ETA previos a la declaración de la tregua anunciada por la organización terrorista el 16 de septiembre de 1998 elevó la tensión entre las formaciones abertzales y las constitucionalistas. El pacto de Gobierno firmado entre PNV-EA y Euskal Herritarrok, nueva formación creada a partir de la incorporación al proyecto de HB de otros grupos, resultó decisivo en este proceso.

Durante la campaña electoral previa a las elecciones autonómicas de mayo de 2001 y ruptura de la tregua, Xabier Arzalluz suscribió junto a los representantes del Bloque Nacionalista Galego (BNG) y Convergencia y Unió de Catalunya (CIU), el denominado «Pacto de Barcelona» el 18 de septiembre de 1998, un documento a favor de una nueva articulación de un estado plurinacional. Será reelegido nuevamente Presidente del Partido Nacionalista Vasco en enero de 2000 y anuncia su retirada al frente del mismo para el año 2004.