Misión jesuita en la provincia de Perú. Hace referencia a las distintas misiones llevadas a cabo por los jesuitas en la dilatada cuenca del río Marañón. En el orden civil y administrativo dependían de la Audiencia y provincia de Quito, formando parte del virreinato de Nueva Granada.

En el año 1619, fundada la ciudad de Borja, fue solicitada a los jesuitas la creación de una misión en aquella zona del Marañón. Fue concedida en 1632, pero no se inició hasta dos años más tarde. El superior de Quito, de acuerdo con la Audiencia y el obispo de Cuenca, nombró a los dos primeros misioneros: Gaspar Cugía, natural de Cerdeña, y Lucas de la Cueva, natural de Baeza. En la obra «Los jesuitas en América», Ángel Santos reseña el 6 de febrero de 1638 como día de llegada de los dos jesuitas a Borja y fecha de fundación de la misión.

Esta experiencia terminará con la expulsión de los jesuitas en 1767. Según la mencionada obra, al momento de la expulsión la misión contaba con: 12 reducciones en la llamada misión Alta del Marañón, 4 en el río de Pastaza, 11 en la llamada misión baja del Marañón, 6 en el Napo y Aguarico, y como pueblos anejos a la misión de Santa Cruz de Lamas, Archidona y Puerto Napo.