Misión jesuita en la provincia de Perú.

Se trata de unas de las misiones llevadas a cabo por los jesuitas en el norte del río Marañón. En el orden civil y administrativo dependían de la Audiencia y provincia de Quito, formando parte del virreinato de Nueva Granada.

En el año 1619 fue fundada la ciudad de Borja solicitando inmediatamente los jesuitas la concesión de una misión en aquella zona del Marañón. Fue concedida en 1632, pero no se inició hasta dos años más tarde, cuando el superior de Quito, de acuerdo con la Audiencia Real y el obispo de Cuenca, nombraban a los dos primeros misioneros, Gaspar Cugía, natural de Cerdeña, y Lucas de la Cueva, natural de Baeza. Ángel Santos, en su obra Los jesuitas en América, toma el día en que llegaron estos dos jesuitas a Borja, 6 de febrero de 1638, como fecha de fundación de la misión.

La misión terminó con la expulsión de los jesuitas en 1767. Según la anteriormente mencionada obra, al momento de la expulsión la Misión del Río Marañón contaba con "12 reducciones en la llamada misión Alta del Marañón o Maynas, 4 en el río de Pastaza, 11 en la llamada misión baja del Marañón, 6 en el Napo y Aguarico, y como pueblos anejos a la misión de Santa Cruz de Lamas, Archidona y Puerto Napo".