Institución pedagógica fundada en 1940 en Madrid por Jimena Menéndez-Pidal, Carmen García del Diestro y Ángeles Gasset,​ para continuar con el modelo educativo y la filosofía de la Institución Libre de Enseñanza (ILE) aplicado en el Instituto-Escuela, que fue​ clausurado en 1939, tras el final de la Guerra Civil, por el nuevo régimen franquista.

​Desde 1994 depende del Patronato de la Fundación Estudio y se encuentra en la lista de Centros Escolares con Patrimonio Histórico.

Además de a sus tres fundadoras, el centro acogió a algunos profesores Institucionistas, relacionados con laboratorios de la Junta para Ampliación de Estudios (Rosa Bernis, Andrés León Maroto, Miguel Catalán, marido de Jimena), o del Centro de Estudios Históricos, como María Goyri, o los profesores Manuel de Terán y Enrique Lafuente Ferrari, o maestras de las Secciones de Párvulos y de Primaria del Instituto-Escuela (María Rosa Castilla, Pura Díaz, Pilar Elorza, Nieves Gil, Esperanza Salas o Fernanda Troyano de los Ríos).

​El primitivo Colegio Estudio se instaló de forma provisional en un chalet de la madrileña calle de Oquendo. Antes de un año, los alumnos del bachillerato se trasladaron a otro chalet en la calle de General Mola, que desde 1950, serían acogidos en el International Institute for Girls in Spain, de la calle Miguel Ángel, 8 de Madrid. A partir de 1966, se abrió la sede de Valdemarín, en Aravaca, en el edificio construido por Fernando Higueras, que luego albergaría el Archivo Histórico de la Fundación Estudio.

​El colegio nació con el propósito de preservar y difundir la filosofía de la Institución Libre de Enseñanza y el compromiso de mantener vivo su modelo educativo, conscientes del papel de la educación como motor de la transformación social de un país.

En 2017, el Colegio Estudio participó, junto con la Fundación Giner de los Ríos (Institución Libre de Enseñanza), en la puesta en marcha del master en innovación educativa "Laboratorio de la Nueva Educación" de la Universidad Carlos III de Madrid.