Universidad fundada por Casimiro el Grande en 1364; el Studium Generale comprendía tres facultades: Artes Liberales, Derecho y Medicina. Desaparecida tras la muerte de su fundador, fue refundada en 1400 por el rey Vladislao Jagellon. Durante el siglo XV el centro educativo vivió un momento de florecimiento llegando a atraer a estudiantes de toda Europa. Se vio seriamente afectada en el siglo XVI por los movimientos de reforma religiosa y la división de la Cristiandad; surgieron entonces nuevos centros educativos que disputaron la primacía a la Universidad Jagelloniana, entre ellos los fundados y dirigidos por la Compañía de Jesús. En el siglo XVIII el centro sufrió importantes reformas a causa del establecimiento de una Comisión para la Educación Nacional en 1773; cambió su nombre al de Estudio Principal del Reino, y se produjeron las siguientes transformaciones: lecciones en polaco, atracción de profesores desde el extranjero, desarrollo de las ciencias naturales y exactas, así como la construcción de un observatorio astronómico, un jardín botánico y un hospital. Los primeros años del siglo XIX estuvieron marcados por las diferentes crisis política: la partición polaca y la anexión de Cracovia a Austria; la germanización en 1805; la incorporación en el Gran Ducado de Varsovia o su estatus como estado independiente (Ciudad Libre de Cracovia) tras el Congreso de Viena. En 1817 adoptó su nombre actual, y en 1846, la disolución de la Ciudad Libre de Cracovia y su reincorporación en Austria marcaron su reorganización siguiendo el modelo austriaco y situando el alemán como lengua vehicular. La concesión de la autonomía política por parte del Imperio Austro- Húngaro durante la segunda mitad de la centuria devolvió al centro su carácter polaco, volviendo a tener la lengua autóctona como vehicular. Su desarrollo continuó tras la consecución de la independencia polaca en 1918. La Segunda Guerra Mundial marcó un momento crítico para la Universidad: sus profesores sufrieron la persecución y deportación a campos de concentración por parte de los nazis, y otros fueron víctimas de la matanza que tuvo lugar en Katyn a instancias de Stalin. Durante la era soviética algunos de sus estudios fueron suprimidos (como los de Teología, Agricultura o Medicina); fueron notables, también, las protestas estudiantiles en 1968 y 1981.