El Hospital fue fundado en 1333 gracias al legado de Bernardo Gómez para la atención de pobres enfermos. En 1653 fue entregado, para su administración perpetua, al presidente provincial y religiosos de San Juan Dios bajo el compromiso de mantener un cierto número de camas para atender a los pobres. A la altura de 1803 contaba con tres médicos y dos cirujanos que trabajaban por meses a sueldo del Ayuntamiento de Alicante. Durante la Guerra de Independencia los hermanos de San Juan de Dios también asistieron a los enfermos del Hospital del Rey que fueron trasladados al convento de los padres dominicos. En 1820 el Hospital pasó a depender de la Junta Nacional de Crédito Público aunque la congregación siguió con su trabajo usando sus propios fondos. En 1821, y en marco de las supresiones de órdenes religiosas durante el Trienio Liberal, la comunidad de San Juan de Dios quedó extinta y el 20 de marzo de 1821 el intendente de Valencia comunicó al ayuntamiento que debía administrar el Hospital de San Juan de Dios.