Médico, botánico, naturalista y expedicionario español. Protomédico general de Indias. Investigador de la Materia Médica Mexicana.

Estudió en la Universidad de Alcalá y en 1530 se graduó como bachiller en Artes y Filosofía, grado previo al de Medicina. Se graduó de medicina en 1536. En Alcalá pudo haber sido compañero de estudios de dos médicos coetáneos famosos, Francisco Vallés (1524-1592) y Juan Fragoso (c. 1530-1597).

Tras su graduación, fue médico del duque de Maqueda en la villa de Torrijos (Toledo); de allí pasó a ejercer en Sevilla y contrajo matrimonio con Juana Díaz, oriunda de Paniagua, de la cual tuvo dos hijos, Juan Hernández y María de Sotomayor.

Entre 1556 y 1560 fue médico del monasterio de Guadalupe, dónde se ocupó del jardín botánico. Fue a finales de 1568, mientras completaba la traducción de la Historia Natural de Plinio, cuando Hernández cambió su residencia a Madrid, alcanzó el favor real y en 1569 fue nombrado médico de cámara de Felipe II.

Al año siguiente el rey le nombró protomédico general de todas las Indias, islas y tierra firme del Mar Océano, para hacer la historia natural de las cosas de las Indias. Llegó a Nueva España a finales de 1571 y se dedicó a recoger la experiencia terapéutica de médicos españoles residentes allí con los que tuvo relación como Francisco Bravo, médico sevillano, autor de la Opera medicinalia; Alonso López, cirujano del Hospital de San José de Indios, autor de una Summa y Recopilación de Chirugía; Agustín Farfán, autor de Tractado breve de Anothomía y Chirugía y de Tractado Brebe de Medicina; y algunos otros, como Pedro López, Francisco Toro y Juan de Unza, conocedores de la medicina natural indígena.

Hernández estudiaba la planta medicinal, primeramente in situ y después realizaba pruebas farmacológicas en los hospitales monásticos. Para ello, mientras residió en Ciudad de México, se reunía diariamente en el Hospital Real de Naturales con cuatro médicos de la capital, observando los efectos de las drogas medicinales sobre los enfermos internados en las doscientas camas de aquel hospital de indios.

Regresó a la península en 1577 acompañado de más de veinte tomos de de libros,simientes y raíces, árboles y hierbas medicinales mexicanas, qu recogían sus años de estudios y exploraciones. A su llegada a Sevilla procedió a plantar en el Alcázar las plantas y semillas medicinales traídas de México. Después, continuó viaje a Madrid, donde se avecindó en el barrio de Santiago y presentó un Memorial a Felipe II en el que enunmeraba los trabajos realizados.

Falleció en Madrid en 1587. El manuscrito original de Francisco Hernández sobre la Materia Méxica Mexicana pereció en el incendio de El Escorial en 1671. En 1780 se localizó una de las copias de la obra de Hernández en el Colegio Imperial de la Compañía de Jesús de Madrid, que sirvió para la edición de 1790 del botánico Casimiro Gómez Ortega.