Como parte importante de la labor emprendida por Francisco Javier de Balmis durante la Expedición Filantrópica de la Vacuna, se establecieron Juntas de Vacunación que, acompañadas de un Reglamento de Vacunación, tenían como objetivo mantener activa la campaña de vacunación más allá de la presencia de los médicos principales que habían participado en esta gesta. La Junta era un aparato administrativo compuesto por diversos miembros a los que se les asignaban funciones relativas a la intervención, la difusión de la vacuna y la propaganda. Eran estructuras flexibles que debían adaptarse a las circunstancias de cada uno de los territorios en los que se establecían. Tenían, además, una proyección docente y educativa con el objetivo de formar a los sanitarios locales para continuar con las tareas de vacunación. Se establecieron Juntas Centrales en las capitales de las Audiencias y Capitanías; dependían de la Junta Central de Vacunación y, a la vez, tenían bajo su amparo a las Juntas Subalternas que se crearon en aquellos núcleos con una densidad alta de población. Constaban de un protector secular, cargo ocupado por el gobernador o capitán general de la jurisdicción y un protector eclesiástico, responsabilidad que recaía en el obispo. Por otro lado, contaban con 8 socios, de los cuales gran parte eran facultativos sanitarios y otros vecinos señalados que pudieran colaborar en la tarea de difusión de la campaña. Cada Junta contó con su Reglamento de Vacunación en el que se establecía la erección de Casas de Vacunación propias donde tendría lugar la conservación e inoculación de las vacunas.

La primera Junta de Vacunación se estableció en Tenerife, sin embargo, será la Junta Central de Vacunación de Caracas la que finalmente se erija en modelo para las restantes Juntas.

Las Juntas de Vacunación cumplieron en América, un papel de institucionalización de la Sanidad que había estado en manos de las órdenes religiosas.