El Colegio Menor de Mínimos de San Francisco de Paula o Santa Ana fue fundado en 1587, gracias a Bartolomé de Santoyo, ayuda de cámara del rey Felipe II. El Colegio pertenecía a la Orden de los Mínimos de San Francisco de Paula.

Inicialmente, en 1553 los mínimos de San Francisco de Paula fundaron el colegio de su orden en unas casas cedidas por el rector del Colegio Mayor de San Ildefonso, situadas dentro del entonces recinto universitario.

Ante la situación de pobreza en que se encontraban, Bartolomé Santoyo y su mujer Ana Ondegardo, ayudaron a la orden en la construcción de un nuevo colegio con la condición de que estuviera bajo la advocación de Santa Ana. Por este motivo se trasladaron a su actual emplazamiento en la Plaza de la Victoria.

Tras la desamortización eclesiástica del siglo XIX, el colegio se convirtió en Hospital y Farmacia Militar, agregándose una tercera planta. En los años setenta del siglo XX pasó a ser propiedad de la nueva Universidad de Alcalá, que lo restauró para albergar a partir de 1980, la sede de la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales.