La Facultad de Artes y Filosofía de la antigua Universidad de Alcalá contaba con ocho cátedras, las cuáles contaban con una jornada lectiva de tres clases, dos por la mañana y una vespertina, al igual de un turno de cuestiones y reparaciones. Asimismo, durante la semana, los estudiantes contaban con un día para las conclusiones de sus estudios a lo largo de la semana. Los profesores, reconocidos como maestres, percibían un salario de 80 florines anuales.

El curso constaba de 4 años para obtener el Bachillerato, dividido cada año en los estudios que se cursarían ese año, siendo el primero el de súmulas. El segundo año se dedicaba al estudio de los escritos de Porfirio, al igual que Aristóteles. Este año estaba enfocado principalmente a la Lógica. El tercer año estaba enfocado a la Filosofía Natural, con estudios de Aristóteles, referidos al Coelo et Mundo y al estudio de la Ánima. El cuarto y último año se dedicaba exclusivamente a la Metafísica de Aristóteles.

Para obtener el Bachillerato, los estudiantes de Artes y Filosofía tenían que responder preguntas a catedráticos de Arte acerca de lo estudiado en los trienos, es decir, súmulas, predicables de Porfirio, Aristóteles y Metafísica. Tras ello, se realizaba una prueba de aptitudes. Si se conseguía, se procedía a la graduación del estudiante a Bachiller. Para obtener la Licenciatura, los ya Bachilleres tenían que leer los libros de Ética, Física y Metafísica de de Aristóteles. También debían responder las preguntas de los doctores en Filosofía, relacionadas con Lógica, Física, Filosofía Natural, Metafísica y Moral. Tras ello, se realizaban una serie de disputas entre los Bachilleres, tras lo que realizarían un examen de licenciatura parecido al anterior para ser Bachiller, junto a ejercicios humanísticos públicos.