Para afrontar la continuidad de la administración de justicia hasta acometer la reforma judicial determinada por la Constitución de Bayona, el rey José I Bonaparte estableció por Decreto de 6 de febrero de 1809, dos juntas de Jueces, para decidir los negocios contenciosos que se hallaban pendientes en el Consejo de Castilla, que había sido suprimido el 4 de diciembre de 1808.

Las Juntas estaban formadas por miembros de los Consejos de Hacienda, Órdenes y de la Sala de Alcaldes de Casa y Corte. La sede se instaló en los mismos locales del Consejo de Castilla, con el personal subalterno del Consejo. El que fue nombrado escribano de gobierno Bartolomé Muñoz, lo había sido del extinto Consejo.

La administración de la justicia, en el entorno tan precario de recursos que caracterizó a la Administración josefina, no estuvo exenta de dificultades, como se plasma en el Decreto de 10 de diciembre de 1811, por el que las juntas de Negocios Contenciosos quedan autorizadas a admitir y determinar todos los recursos de injusticia notoria.

En 1812 tiene lugar la anunciada estructuración de los tribunales del Reino, creándose el Tribunal de Reposición de Corte establecido en la Constitución de Bayona. Aunque este Decreto suponía la desaparición de las juntas de Negocios Contenciosos, éstas siguieron funcionado hasta el 10 de agosto de 1813 en que entraron las tropas aliadas.

Este fondo se custodia en la Sección Consejos del Archivo Histórico Nacional (Madrid), adónde llegó junto con la documentación del Consejo de Castilla, ya que estuvo instalado en la misma sede madrileña del Consejo.