Archivo del Papa y de las oficinas centrales de la curia romana fruto de la actividad de gobierno de la Iglesia católica universal.

En el siglo IV ya se constata la existencia de un "scrinium" papal que cumplía simultáneamente las funciones de archivo y biblioteca. En el siglo XIII la primera Biblioteca y el primer Archivo, por razones que todavía se desconocen se dispersaron, y en 1295 el papa Bonifacio VIII mandó hacer un inventario de las nuevas colecciones en el que figuran abundantes fondos documentales. En 1303, con motivo de la afrenta de Agnani que sufrió el papa a manos del rey francés, el Archivo y la Biblioteca fueron saqueados. Benedicto XI los trasladó a Perusa (Italia) y desde allí Clemente V hizo envíos a Francia. En 1339 se trasladó a Aviñón (Francia) de donde solo una parte regresará a Roma para incorporarse a los fondos de la Biblioteca Vaticana, fundada formalmente por Nicolás V (1447-1455).

En 1612 Paulo V constituyó el Archivo Vaticano que adquirió desde entonces vida independiente separándose de la Biblioteca bajo la denominación de "Archivo Secreto Vaticano". Para ello ordenó el ingreso de todos los fondos documentales romanos a excepción de los que por su relevancia permanecieron en el castillo de Sant Angelo, para mayor seguridad. Estos últimos fueron trasladados al Archivo Vaticano en 1798, donde se habían incorporado también todos los documentos que habían quedado de la etapa de Aviñón en 1783. En 1880, al inicio de su pontificado, León XIII abrió al mundo científico el Archivo. Desde entonces ha ido enriqueciéndose con la incorporación de otros fondos, como los correspondientes a las distintas congregaciones romanas o los archivos de familias patricias romanas que permanecen en depósito.

Está dividido en tres partes: Archivo Secreto o Archvio General de la Iglesia católica, Archivo Secreto Pontificio y Archivo del Vicariato o diócesis de Roma. El papa Francisco, en la carta apostólica de 22 de octubre 2019 "L'esperienza storica" ha cambiado su antiguo nombre por el nuevo "Archivo Apostólico Vaticano".

El Archivo permanece vinculado a la Escuela Vaticana de Paleografía, Diplomática y Archivística desde los origenes de esta institución académica.