El monasterio fue fundado en el s. XII, a orillas del río Oroncillo, por el matrimonio formado por Gonzalo de Marañón, alférez de Alfonso VIII y Mayor García de Aza, cuyo padre fue uno de los tutores del rey. En 1159 Gonzalo de Marañón había realizado un primer intento de fundación que no fructificó. Aunque la fecha de la fundación no está clara, sabemos que el documento más antiguo que atestigua la existencia del monasterio data de 1182. Aunque en 1178 llegaron al lugar unos monjes procedentes del monasterio cisterciense L`Escale Dieu, ellos serían los primeros habitantes del monasterio, siendo el primer abad Fortunato.

El convento contó con importantes donaciones, como la que hicieron Lope Díaz de Haro y sus hermanas, la reina doña Urraca y doña Mencía en 1198, por la que donaron una serna en Santa Cruz de Juarros, o la que realizaron en 1200, don Armengol y doña Catalina, por la que cedían al monasterio derechos en la localidad de Palazuelos. No obstante, nunca fue de los más importantes monasterios de la zona. Durante el s. XIII continuó el monasterio aumentando su señorío, a base de compras o de donaciones, como la de un coto de 46 hectáreas que confirma Enrique I en 1215.

Tras morir el abad Sancho de Gamarra en 1508, el monasterio se une a la Congregación de Castilla, entrando así en la nueva observancia. El primer abad de esta etapa fue fray Martín Valdés. En el s. XIX el monasterio vería su fin, ya que a la decadencia por la inestabilidad política de la época, se sumaría la exclaustración iniciada por Mendizábal, cuyos decretos de 1835 supusieron el cierre definitivo del convento.