La ermita de San Marcos fue el lugar sobre el que se edificó el monasterio de Santa María de Monfero. En dicho lugar anteriormente habían existido un eremitorio y después un monasterio benedictino, del que se tienen noticias en 934, que había sido abandonado. El año de fundación fue el 1134, llevándose ésta a cabo gracias a la iniciativa de Afonso Bermúdez y Pedro Osorio, contando con la colaboración del rey Alfonso VII, que hizo venir a monjes del monasterio de Santa Marina de Corallón para habitar el nuevo monasterio.

El año 1147 el monasterio se unió a la orden cisterciense. El s. XIII supondría un período de expansión territorial del monasterio, en el que adquirieron muchos terrenos que pertenecieron al condado de Vilalba, esto produjo varias roces con el concejo. Así, en 1212 el abad de Monfero y el concejo firman un documento por el que el monasterio cede las heredades que poseía al concejo de Vilalba, a cambio de obtener el señoría sobre Gandarela y Margá.

En el s.XIV el monasterio atravesaba un periodo de intensa decadencia que fue solucionado con la inclusión de Santa María de Monfero en la provincia cisterciense observante conocida como Congregación de Castilla. A partir de este momento, y hasta el s.XVIII; el monasterio emprendió un periodo de construcción para ampliar o reconstruir los edificios del monasterio. Así, la nueva iglesia se inaugura en 1655.

En el siglo XIX, una serie de eventos marcaron la extinción de la vida del monasterio. En 1805 un rayo creó graves desperfectos en la iglesia. Años más tarde, en 1820, es produjo una exclaustración temporal, durante el Trienio Liberal, durante la cual, los monjes tuvieron que abandonar el monasterio, regresando en 1823 cuando el poder de Fernando VII fue restituido. En 1835 el monasterio cierra definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.