Para comprender la historia de este monasterio, hay que saber que se trata de una misma comunidad que se traslada tres veces, por lo que podemos hablar de múltiples fundadores y monasterios.

En 1404, trece monjes salían del monasterio de Guadalupe por desavenencias con el prior Fray Fernando Yánez (1389-1412), camino de Zamora, de donde era Fernando de Valencia, uno de ellos.

Levantaron varias celdas cerca del río Esla y de un oratorio pequeño que ya estaba edificado en nombre del arcángel San Miguel -posiblemente propiedad de fray Fernando de Valencia- , buscando el aislamiento. Pero lo insalubre del lugar los obligó a trasladarse a una finca que les fue donada por Arias González de Valdés, en 1407.

En el Capítulo general del año 1534 estos monjes suplicaron, de parte del Obispo, del Cabildo, y de la ciudad, una licencia para trasladarse al monasterio de Montamarta, y el obispo de Zamora, Don Francisco de Mendoza (-1536), les dio permiso para ello.

Un año más tarde se procedía a la apertura de cimientos, presidida por el conde de Alba de Liste, Diego Enríquez Enríquez (1490-1550) (La familia Alva de Liste será una promotora constante de este monasterio) y el vicario fray Juan de Huete.

Algunos de sus monjes más conocidos son:

Fernando de Valencia, regidor de la ciudad antes que monje, el Prior fray Alfonso de Medina, fray Federico Enríquez, hijo de Enrique Enríquez de Mendoza (1405-1480) y Teresa de Guzmán, o el Prior fray Francisco de Toro.

En la Iglesia estaban enterrados Fabrique Manrique y Antonia Valencia. Trabajaron como arquitectos Juan de Álava (1480-1537). Pedro de Ibarra y Miguel de Ibardía hasta 1586, Juan de la Puente y Juan de Riba hasta 1592 y García de la Viga. Sufrió la desamortización en 1835.

Tras la desamortización fue ocupado por una fundición y fábrica de hilaturas y tejidos (1952-1988).

Los restos que han perdurado son una portada barroca, una noria junto a la charca, y una bodega.

Es reseñable el plano dibujado por Wyngaerde (1512/1525-1571), en la época de esplendor de la casa conservado en el Archivo Histórico Nacional.

La orden jerónima cuenta con un cronista excelente en la figura del padre Sigüenza (1544-1606). Junto a sus escritos, se conservan además los documentos de la fundación del monasterio y los textos sobre los religiosos importantes del mismo.