La fecha de fundación es desconocida. Algunas fuentes apuntan a un origen visigodo y posterior abandono debido a la incursiones árabes.

La primera vez que aparece citado es en el año 871 (Cartulario del Monasterio de Alaón). El monasterio fue el eje espiritual de la casa condal ribagorzana, escindida en el 872 de la casa condal de Tolosa por Ramón I, conde de Pallars y Ribagorza.

A la muerte de Ramón I en el 920, su hijo Bernardo Unifredo se hace cargo del condado de la Ribagorza, este será benefactor y protector del monasterio favoreciendo su crecimiento y subsistencia. En este momento se cambia la advocación, de "San Pedro y Santa María" a "Santa María, San Pedro y San Pablo". Y es utilizado como panteón familiar.

El monasterio bajo la orden benedictina, pasó en 1076 al control de Cluny, convirtiéndose en priorato dependiente del monasterio de San Victorián en el Sobrarbe por voluntad del rey de Aragón Sancho I Ramirez.

Esta anexión sería confirmada con diversas bulas papales y Obarra mantendría cierta capacidad de maniobra y decisión sobre los asuntos que lo afectaban, pero esta situación se fue perdiendo. Incluso la vida comunitaria quedó reducida a la mínima expresión. Esta situación también facilitó la pérdida de posesiones y rentas . En el siglo XIV Obarra recibió la protección de los señores de Mur de Pallerol, permitiéndole la subsistencia económica. Entre el 1550 y 1557 se levantó el nuevo palacio prioral, construcción impulsada por el prior Pere de Mur, aún así su situación es de dependencia con San Victorián.

En 1571 con el restablecimiento del obispado de Barbastro el Monasterio de San Victorián es absorbido por el mismo y por lo tanto sus posesiones.