Se encuentra situado a 74 kilómetros de Zaragoza. Si bien se levanta a orillas del río Ebro, frente a la localidad de Escatrón, el monasterio se encuentra enclavado en terrenos del término municipal de Sástago.

El monasterio de Rueda tiene su origen en la comunidad de cistercienses procedentes de la abadía francesa de Gimont que fundaron la abadía de Nuestra Señora de Salz en 1152. Pasados los años, la comunidad de monjes se trasladó a una nueva ubicación situada más cerca de la ciudad en 1166. El nuevo monasterio y pronto comenzó a recibir donaciones y a ampliar sus posesiones. Así, Alfonso II de Aragón donó en 1182 el castillo y villa de Escatrón, situado a orillas del Ebro y más acorde con los gustos de los monjes.

El traslado de los monjes se produjo en 1202, y a partir de ese momento comenzaron las construcciones básicas del monasterio, que se prolongaron a lo largo de todo el s. XIII, así por ejemplo, la iglesia fue consagrada en 1238. Durante el siglo XIII el monasterio contó con generosas donaciones y contó con la protección de Jaime I, pero en el siglo XIV comenzó un periodo de decadencia del monasterio que se prolongaría hasta el siglo XVI, cuando el monasterio abrazó la reforma de la observancia y comenzó una nueva época en que se emprendieron construcciones para renovar y ampliar el monasterio.

En el siglo XIX comenzó la decadencia del monasterio. Con la Guerra de la Independencia, los monjes tuvieron que abandonar Rueda, volviendo tras el fin de la contienda. En 1820, durante el Trienio Liberal, el monasterio cerró sus puertas debido a la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos. Regresaron en 1823 tras la restitución del poder a Fernando VII, pero varios años después, en 1835, la vida de Rueda llegó a su fin tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal.