El origen de este monasterio cisterciense se encuentra en el traslado a mediados del s. XIV de los monjes de Santa María de Fonclara de Alcolea de Cinca en Huesca. Para ello el gobernador de Aragón, Miguel Pérez Zapata, dona unos terrenos de su señorío situados entre Cuarte y Cadrete y consigue del rey Pedro IV, la exención de impuestos y cargas reales para el monasterio.

El compromiso se realizó en 1344, aunque el monasterio de Fonclara todavía continuó existiendo hasta el s. XV, por lo que el periodo de traslado al nuevo monasterio no debió ser rápido. El monasterio de Santa Fe contaba con patrocinio real, recaudándose allí los impuestos conocidos como "generalidades". Por ello los abades eran diputados en las cortes aragonesas y el monasterio recibió como visitantes a varios monarcas, desde Alfonso V, pasando por Fernando el Católico o Felipe II

Según la obra "Puerta Real de la inexcusable muerte", editada en 1577 por Bartolomé Ponce de León, monje de Santa Fe, el convento contaba con 80 religiosos, lo que nos da una idea del enorme auge que tuvo el convento en estos años, teniendo en cuenta que en 1346 el convento contaba con 15 religiosos.

En 1610 se produjo la expulsión de los moriscos, que eran la mano de obra de la que se nutría el monasterio para llevar a cabo sus labores agrícolas y ganaderas. Por ello en 1616 firman unos estatutos de repoblación, aunque siguen manteniendo intacto el sistema de vasallaje y dependencia. El monasterio, como vemos, tenía gran poder, por ello fueron habituales los pleitos durante los s.XVII y XVIII, como los que mantuvieron los cistercienses con varios vecinos o con la Casa de Ganaderos de Zaragoza. En 1701 se vieron obligados a reafirmar su señoría sobre Cadrete.

Es también en el s. XVII, mas concretamente en 1616, cuando se crea la Congregación cisterciense de la Corona de Aragón, provincia reformada de la que formaría parte Santa Fe. En el s. XVIII comenzaron una serie de reformas arquitectónicas en el monasterio que le alejaron de su inicial carácter medieval y le otorgaron rasgos típicos del barroco clasicista.

En el s. XIX comienza la decadencia del convento con la invasión napoleónica, en la que el 15 de junio resulta asesinado su abad. En 1809 se lleva a cabo una expropiación de los bienes del convento que pasaron a ser administrados por la Real Hacienda francesa. Tras el fin de la contienda, puedo regresar la comunidad en 1814, pero poco tiempo después, en 1820, durante el Trienio Liberal, tuvieron que clausurar de nuevo el convento debido a la Ley sobre monasterios y conventos de 29 octubre. En 1823 con la llegada de Fernando VII se restituye de nuevo el convento, pero en 1835 cerraría definitivamente sus puertas tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal, siendo el último abad fray Bruno Lafuente y Moreno. Las ruinas del convento actualmente están ubicadas en la ciudad de Zaragoza.