El monasterio de la Vega fue fundado por Rodrigo Rodríguez Girón y su esposa Inés Pérez. Para ello entregaron al císter una vega entre Saldaña y Carrión, que previamente habían recibido de manos de Enrique I. Para llevar a cabo la fundación emprendieron conversaciones con los cistercienses de Santa María de Benavides, con los que firmaron un documento en 1215 por el que se otorgaba la dotación y en el que se comprometían a construir la iglesia, a cambio el monasterio serviría como enterramiento para Rodrigo Rodríguez Girón e Inés Pérez y para sus descendientes. En 1216 Enrique I realiza una gran donación por cede al monasterio la villa de Aguera, con todas las rentas y vasallos. Las posesiones del monasterio fueron confirmadas por Honorio III en 1221, Gregorio IV hizo lo propio e Inocencio IV además liberó a los monjes del pago de diezmos.

En 1513 fallece Bautista del Castillo, el último abad perpetuo que tuvo Santa María de la Vega, esta situación de vacío de poder es aprovechada por Martín de Mendoza, hijo del duque del Infantado y canónigo de Toledo, que obtiene la encomienda de la abadía y pasa a gobernarla. La situación cambió en 1525, cuando Ignacio Collantes, general de la Congregación de Castilla, recurrió a Carlos V para que solucionase la situación, obteniendo una provisión que le autorizaba a imponer un abad observante, que sería Bernardo de Barrantes. No obstante, debido al poder social que ostentaba Martín de Mendoza, se le permitió continuar como abad perpetuo, siendo el presidente Bernardo Barrantes, esta situación duró hasta 1535, año en que murió Ignacio Collantes.

En 1535 año es elegido abad trienal Andrés de Fuensalida, que obtuvo el cargo de obispo de Trípoli y el gobierno perpetuo sobre la abadía, a partir de sus contactos con el marqués de Aguilar, embajador de Carlos V ante la sede apostólica. Tras una serie de tensiones con la Congregación de Castilla, el 10 de junio de 1543, fue firmada una concordia entre el general de Congregación de Castilla y Andrés de Fuensalida en que se ponía a la abadía bajo las órdenes de la congregación a cambio de que el obispo de Trípoli conservase el título de abad del monasterio. Tras la muerte de Andrés de Fuensalida en 1557 el monasterio funcionó con abades trienales según la reforma observante de la orden, siendo el primero de ellos fray Jorge de Mella.

Los siglos XVII y XVIII supusieron un periodo de estabilidad que propiciaron las reformas y ampliaciones de las instalaciones del monasterio. En el s. XIX, en cambio, se desarrolló el fin de la vida del monasterio. Durante la Guerra de la Independencia el monasterio terminó arrasado por las tropas francesas, la comunidad de monjes, que no llegaba a media docena, tuvo que huir. El monasterio, aún estando en ruinas, fue repoblado de nuevo, pero en 1820, en tiempos del Trienio Liberal, se decreta el cierre a partir de la Ley sobre monasterios y conventos. Con el regreso de Fernando VII es restituida la vida monacal en 1823. El 13 de enero de 1824, el general de la congregación transmitía la orden real de devolución de los bienes enajenados a los monasterios. La toma de posesión se realiza ese mismo año por parte de fray Atilano Pérez en una casa que el monasterio posee en Renedo. El fin definitivo del monasterio llegaría en 1835, cuando fueron aplicados los decretos de exclaustración de Mendizábal.

En la actualidad, a pocos kilómetros de Saldaña, en el término de Renedo de la Vega, se encuentran las ruinas del monasterio de Santa María de la Vega, declarado Monumento Histórico-Artístico el 3 de junio de 1931.