No existen fuentes documentales que daten con exactitud la fundación del Monasterio de Santa María de Alaón. De origen eremítico, los primeros fundadores puede que fueran anacoretas que habitaban cuevas cercanas en el valle del río Noguera Ribagorzana. Aunque la mayoría de los investigadores creen que ya existía en época visigótica, su historia documentada parte del año 806, momento en que el conde tolosano Bigón de Toulouse encargó al abad Crisógono la reorganización de la vida monástica en el Monasterio de Santa María.

Después de esta refundación, Alaón fue ganando en dimensiones y propiedades. El importante apoyo que recibía de parte de los condes ribagorzanos se tradujeron, a lo largo del último tercio del siglo X, en una serie de donaciones y privilegios, a lo que se añadió la consagración de la iglesia monacal, en el año 976, de dos altares dedicados a Santa María y San Pedro por parte del obispo Aimerico de Roda.

Un legado fundamental de este monasterio ribagorzano es la documentación contenida en el Cartulario de Alaón, a partir de la cual se ha podido reconstruir la historia de su fundación, su expansión y la genealogía de los condes y obispos que rigieron este condado desde el primer cuarto del siglo X hasta la segunda mitad del siglo XIII. Además, ha permitido constatar, en un documento fechado en el 954, la incorporación del monasterio a la regla benedictina.

En el siglo XI la presión de las tropas musulmanas y el incremento del poder de los señores sobre el monasterio, en un proceso de secularización del mismo, llevaron a la comunidad de Alaón a pasar por unos momentos de crisis y decadencia. Ante esta situación, en 1068, el rey Sancho Ramírez decide poner el monasterio y todas sus pertenencias bajo la tutela de San Vicente de Roda desde donde se encargarían de la designación de los abades de Alaón.

Después de esta reorganización el monasterio recobró la regularidad benedictina y recuperó los momentos de esplendor perdidos. En los años posteriores se iniciaron importantes reformas en el edificio y se comenzaron las obras de una nueva iglesia que fue consagrada en 1123 por el obispo San Ramón de Roda.

A comienzos del siglo XV la abadía pasó a estar gobernada por abades comendatarios, generalmente desligados de Alaón, manteniendo su actividad monástica hasta su abandono en 1835. Actualmente es iglesia parroquial del pueblo de Sopeira dedicada a Nuestra Señora de la O y en 2004 fue declarada Bien de Interés Cultural.