A comienzos del siglo XVI algunas mujeres de alta alcurnia adquirieron viviendas cerca de la iglesia de San Miguel de Brihuega, para dedicarse a la vida monástica-contemplativa. El proyecto no se llevó a cabo hasta 1564 de la mano de Beatriz de Zuñiga, María de Mendoza, Ana de Medrano y Antonia de Salazar, a las que se unieron las briocenses Juana Ruiz, María de Angulo e Isabel Garcés.

Su espíritu atraía a muchas jóvenes además de ayudas y donaciones de la zona. Animadas por ello y las generosas dotes exigidas (950 ducados) levantaron una buena iglesia junto con su casa cenobial, casi señorial que habitaron aproximadamente tres décadas después de su establecimiento. Así en 1596 Alberto de Austria (1559-1621), archiduque cardenal de Toledo, firmó la anexión a la orden jerónima bajo la advocación de San Ildefonso.

Al llegar la invasión francesa, las religiosas tienen que abandonar el convento huyendo al cercano pueblo cercano de Pajares del que no pudieron regresar hasta 1814 (entre otras razones por el Real Decreto de 18 de agosto de 1809). El inmueble se usó como hospital de sangre durante las batallas del 9 y 10 de diciembre de 1810, o de refugio para mujeres. Las monjas regalaron una bandera enemiga que conservaban a modo de botín a Alfonso XII en su boda con Cristina de Habsburgo.

A su regreso sortearon con más o menos suerte los decretos de exclaustración (Dedicándose a la enseñanza en un colegio (dato de 1851).

A finales de julio de 1836, las doce religiosas debieron de abandonar el convento por orden del alcalde, encontrando acogida entre familiares y amigos. En 1937 tuvieron que marchar a Balconete tras la batalla de Guadalajara. La iglesia quedó como carbonería de la CNT.

Con el fin de la guerra regresaron a Brihuega encontrándose un panorama desolador, el convento saqueado y en ruinas, el archivo destruido, ...El colegio y el monasterio pudo ser inaugurado de nuevo el 20 de junio de 1941 por esta comunidad y la de Nuestra Señora de los Remedios de la ciudad de Guadalajara, que al hallarse en una situación similar, se fusionaron (En 1942 el cardenal arzobispo de Toledo Pla y Deniel (1876-1968) ejecutaba el rescriptorio de la Santa Sede por el que se daba la unión y en mayo de 1942 vuelve a estar habitado). La nueva comunidad se ampararía bajo la advocación de Nuestra Señora de los Remedios. El 4 de julio de 1969 el arquitecto enviado por el Obispado a revisar el edificio decretó su cierre inmediato.

Fueron a Yunquera de Henares por recomendación del obispado. El 15 de marzo de 1971 se instalarían en su nueva vecindad quedando cerrado definitivamente el cenobio que nos ocupa. En 1974 habitar la casa del guarda que se encontraba en la finca adquirida.

El 15 de febrero de 1977 que el Ayuntamiento declara en ruina el edificio de Brihuega, comenzando la remodelación de la manzana bajo las directrices de los Servicios Técnicos de la Dirección General del Patrimonio Artístico y Cultural del Ministerio de Educación y Ciencia que afectó tan solo de la iglesia, pues el edificio conventual es derribado por intereses privados.

En 2007 se restauró la iglesia de la mano del arquitecto Adam Bresnick creando un espacio ideal para la creación de eventos, inaugurándose en 2012 y recibiendo el premio Europa Nostra 2013 con mención especial en la categoría de conservación del patrimonio