El monasterio de San Martín fue fundado en el año 1635 gracias a las donaciones hechas por Martín Gómez de Aragón y su esposa Leonor. Al no tener hijos decidieron disponer su importante fortuna a favor de una nueva fundación.

Al morir Leonor de Aragón, Martín haría testamento en el que establecía la creación de una institución que incluyera el convento y un colegio para niñas huérfanas. Era su deseo que el mismo edificio albergara las dos funciones y el matrimonio debía ser enterrado en su capilla una vez finalizadas las obras.

No pudo establecerse el monasterio en el lugar inicialmente elegido, sin que se sepan los motivos, por lo que se acabó utilizando el antiguo Palacio de los marqueses de Comares. Probablemente la nueva ubicación hizo menguar los fondos asignados para la construcción por lo que el colegio para niñas huérfanas tampoco llegó a levantarse.

Quedaría únicamente el convento de San Martín que se entregó a la orden del cister manteniendo así este deseo de los fundadores. Aún así las obras se demoraron por años, en 1648 aún no estaban acabadas todas las obras de adecuación.

El monasterio pervivió hasta el siglo XIX. En 1835, con la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal, se ordenó el cierre de la casa y su comunidad de religiosas fue repartida por diferentes conventos de la ciudad.

Ya en 1840 el Ayuntamiento de Córdoba solicitó la demolición del edificio para poder llevar a cabo un proyecto urbanístico que incluía un paseo. En 1843 se traza el Paseo de San Martín. En 1862 se suprimió este paseo en favor de un nuevo proyecto que daría lugar a la actual Avenida del Gran Capitan.