La Iglesia de San Martín Sacosta existía ya en el año 898 y tenía sacerdote propio.

Será el canónigo cabiscol Ponç la hizo reconstruir el monasterio en el año 1064.

En 1101 el conde Ramón Berenguer III la recibió bajo su protección, y en 1118 Berenguer Amat la encomienda al obispo de Gerona. Entre 1046 y 1078 se le atribuye a San Martín un funcionamiento parroquial, con una pequeña comunidad de sacerdotes.

El 1152 el presbítero de San Martín y Arcediano de Besalú, cedió el monasterio al abad Ponç de Monells, de San Juan de las Abadesas, para que instituyera una comunidad de canónigos. La fundación tarda 12 años en llevarse a cabo: en 1164 se insta instala una comunidad presidida por Arnau de Montsbós, antiguo canónigo del priorato canonical de Santa María de Lledó, con consentimiento del obispo y los canónigos de Girona.

La canónica agustiniana de San Martín Sacosta alcanza su forma definitiva en 1229, cuando su pavorde (prior), Pedro, fija el número de canónigos en cinco, más un sacerdote y un diácono para la atención de la parroquia.

Entre 1255 y 1340 la canónica tuvo largas discusiones con los Frailes Predicadores, sus nuevos vecinos, instalados en Santo Domingo. Entorno de la última fecha se inicia una larga decadencia, que se acentuará durante el siglo XV al caer la canónica en manos de propietarios nobles o comendatarios, que accedían a la propiedad de las rentas de un monasterio.

El principal actor de la extinción de la Canónica fue su último comendatario, el canónigo y pavorde Miguel de Agullana.

Su primer paso fue contar con la complicidad del Obispo, el monje benedectino Benedetto di Tocco, veneciano de la costa dálmata, que fue Obispo de Girona de 1572 a 1583.

El Obispo se pone incondicionalmente al lado de Argullana y a favor de la activación de las gestiones en Roma a través de Jaime, hermano de Miguel de Agullana y canónigo en Italia, con el fin de extinguir la Canónica agustina y crear en su lugar (y con sus rentas) un gran Ilustre Colegio de la Compañía de Jesús.

El 8 de junio de 1581, papa Gregorio XIII emite un bula donde se suprime la canónica de San Martín ça Costa y, en el mismo documento, manda fundar el Colegio de la Compañía de Jesús en dicho monasterio y le asigna todas las rentas y beneficios aplicadas a la antigua Canónica.

Tras la expulsión jesuita en 1767, el lugar se convirtió en seminario. Más adelante se utilizó de cuartel y de cárcel y ahora una parte del edificio es utilizado por la Universidad.